การรถไฟแห่งประเทศไทย แจ้งระดับน้ำที่เข้าท่วมทางรถไฟจังหวัดปทุมธานี-พระนครศรีอยุธยา สถานีรังสิต-เชียงราก ทำให้ไม่สามารถจัดเดินขบวนรถในช่วงดังกล่าวได้ ส่วนประชาชนที่ต้องการเดินทาง การรถไฟฯจึงประกาศให้มีเดินขบวนรถสายสั้นๆไป-กลับ อาทิ ช่วงกรุงเทพ- ดอนเมือง ช่วงบางปะอิน-อยุธยา ช่วงโคกกะเทียม-นครสวรรค์ ช่วงชุมแสง-พิษณุโลก-เชียงใหม่
สำหรับเส้นทางสายเหนือยังคงประกาศงดการเดินรถ 18 ขบวนต่อไปอีก ส่วนขบวนรถสายตะวันออกเฉียงเหนือ 12 ขบวน ที่ต้นทางสถานีกรุงเทพยังคงใช้เส้นทางกรุงเทพ-มักกะสัน-ฉะเชิงเทรา เพื่อไปยังชุมทางแก่งคอยและเดินรถต่อไปยังปลายทางอุบลราชธานีและหนองคาย ทั้งนี้ขบวนรถไฟสายอีสานจะไม่ผ่านสถานีสามเสน,บางซื่อ หรือดอนเมือง ผู้โดยสารจึงต้องเดินทางเข้ามาที่สถานีกรุงเทพ (หัวลำโพง) เท่านั้น
ส่วนการเดินรถในวันนี้ (21ต.ค.54)ขบวนรถชานเมืองบริการเชิงสังคม กรุงเทพ-อยุธยา-กรุงเทพ สามารถเดินขบวนได้จากกรุงเทพ-บางปะอิน-กรุงเทพ เท่านั้น