ทั้งนี้ ร.ฟ.ท.ได้ดัดแปลงตู้โดยสารชั้น 3 เป็นรถนั่งชั้น 2 ปรับอากาศ สำหรับคนพิการและผู้สูงอายุที่ใช้รถ Wheel chair จำนวน 10 ตู้ ขณะนี้นำออกให้บริการ 4 ตู้ โดยฝ่ายการช่างกล โรงงานมักกะสัน ร.ฟ.ท.ปรับปรุงสิ่งอำนวยความสะดวกสำหรับผู้พิการ เช่น ที่เก็บรถ wheel chair ห้องน้ำ-ห้องสุขา ลิฟท์สำหรับยกรถผู้พิการ ซึ่งผู้พิการสามารถขึ้นได้ด้วยตัวเอง เพื่อส่งเสริมการเข้าถึงและใช้ประโยชน์รถไฟของคนพิการ เพื่อให้คนพิการสามารถดำเนินชีวิตอยู่ได้อย่างอิสระ ตาม พ.ร.บ.ส่งเสริมและพัฒนาคุณภาพชีวิตคนพิการ 2550 และเพื่อสร้างภาพลักษณ์ที่ดี การรถไฟฯ ได้ลดค่าโดยสารสำหรับคนพิการร้อยละ 50 ตลอดปี และคิดอัตราค่าธรรมเนียมพิเศษ 90 บาทต่อที่นั่ง ทุกระยะทาง โดยผู้ติดตามดูแลคนพิการลดค่าโดยสารร้อยละ 25