เนื่องจากกรมอุตุนิยมวิทยา ได้คาดการณ์สภาพภูมิอากาศในช่วงวันที่ 25 — 28 กันยายน 2556 ว่า จะมีร่องมรสุมพาดผ่านภาคเหนือตอนล่าง ภาคกลางตอนบน และภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ทำให้บริเวณดังกล่าวมีฝนตกเพิ่มมากขึ้น และจะมีฝนตกหนักบางแห่ง กรมชลประทานได้คาดการณ์ปริมาณน้ำที่สถานี C.2 อำเภอเมือง จังหวัดนครสวรรค์ ในวันที่ 29 กันยายน 2556 จะมีปริมาณน้ำประมาณ 1,800 — 1,900 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที และปริมาณน้ำจากแม่น้ำสะแกกรัง ที่จะไหลมาสมทบอีกประมาณ 400 - 500 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที ซึ่งจะทำให้มีปริมาณน้ำไหลผ่านเขื่อนเจ้าพระยาเพิ่มมากขึ้นตามไปด้วย
ดังนั้น เพื่อไม่ให้มีปริมาณน้ำสะสมในพื้นที่ด้านเหนือเขื่อนเจ้าพระยาเป็นจำนวนมาก อีกทั้งแม่น้ำเจ้าพระยา ยังมีขีดความสามารถที่จะรับน้ำได้ จึงเป็นการดีที่จะเร่งระบายน้ำให้ไหลลงสู่ทะเลโดยเร็ว ประกอบกับในระยะนี้ไม่มีอิทธิพลจากน้ำทะเลหนุนสูง นับเป็นช่วงที่เหมาะสมสำหรับการตรียมความพร้อมในการรับน้ำหากมีฝนตกลงมาเพิ่มเติม
ทั้งนี้ สถานการณ์น้ำในลุ่มน้ำเจ้าพระยา ล่าสุด(23 ก.ย. 56) เวลา 06.00 น. ปริมาณน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาไหลผ่านที่สถานี C.2 อำเภอเมือง จังหวัดนครสวรรค์ ในเกณฑ์ 1,564 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที และไหลผ่านเขื่อนเจ้าพระยา ในเกณฑ์ 1,996 ลูกบาศก์เมตรต่อวินาที ระดับน้ำเหนือเขื่อนเจ้าพระยา +16.69 เมตรเหนือระดับน้ำทะเลปานกลาง
กรมชลประทาน ได้วางแนวทางในการบริหารจัดการน้ำ โดยใช้พื้นที่ด้านฝั่งตะวันตกของแม่น้ำเจ้าพระยา ควบคุมการรับน้ำเข้าคลองมะขามเฒ่า-อู่ทอง แม่น้ำท่าจีน แม่น้ำน้อย และตามคลองเล็กๆ ในปริมาณที่สมดุลกับปริมาณน้ำท่าในพื้นที่ และศักยภาพของการรับน้ำตามคลองต่างๆ ไม่ให้เกิดผลกระทบซ้ำซ้อนในพื้นที่ที่เกิดปัญหาน้ำท่วมขังจากการที่ฝนตกหนักและต่อเนื่องอยู่ก่อนหน้าแล้ว ส่วนในพื้นที่ฝั่งตะวันออก ได้ดำเนินการในหลักการเดียวกัน ด้วยการควบคุมการรับน้ำเข้าคลองชัยนาท - ป่าสัก และคลองชัยนาท-อยุธยา