ขณะที่การเลี้ยงสุกรซึ่งต้องใช้น้ำจำนวนมากนั้น ซีพีเอฟจะนำน้ำจากกระบวนการผลิตมาก่อให้เกิดประโยชน์สูงสุด โดยนำน้ำทั้งหมดระบายลงสู่ระบบไบโอแก๊สที่ช่วยป้องกันกลิ่นและแมลงวัน ในการหมักจะได้ก๊าซมีเทนที่จะถูกนำเข้าเครื่องปั่นไฟเปลี่ยนเป็นกระแสไฟฟ้าใช้ในฟาร์ม ทดแทนการซื้อไฟฟ้าจากการไฟฟ้าปีละกว่า 32% ช่วยลดค่าใช้จ่ายไฟฟ้าได้ถึง 84 ล้านบาทต่อปี ทั้งยังช่วยลดการปลดปล่อยก๊าซเรือนกระจกสู่ชั้นบรรยากาศได้กว่า 260,300 ตันคาร์บอนไดออกไซด์เทียบเท่าต่อปี ส่วนน้ำที่ผ่านกระบวนการบำบัด จะถูกนำเข้าระบบบำบัดน้ำต่อเพื่อให้นำมีคุณภาพตามมาตรฐานที่กฎหมายกำหนด โดยฟาร์มทุกแห่งจะนำน้ำไปใช้รดต้นไม้ และยังนำน้ำนี้ไปผ่านการบำบัดอีกครั้งเพื่อใช้ล้างโรงเรือนช่วยประหยัดน้ำจากธรรมชาติ ที่สำคัญทุกฟาร์มต้องไม่ปล่อยน้ำเสียสู่แหล่งชุมชน 100% เพื่อไม่ให้ชุมชนได้รับผลกระทบจากการดำเนินธุรกิจของบริษัท ส่วนการจัดการน้ำสำหรับฟาร์มเพาะเลี้ยงกุ้ง ซีพีเอฟดำเนินการควบคุมปริมาณการใช้น้ำอย่างต่อเนื่อง โดยนำวิธีการเลี้ยงกุ้งด้วยระบบปิดมาประยุกต์ใช้ โดยสร้างระบบบริหารจัดการอย่างถูกวิธี มีอัตราส่วนที่เหมาะสมของพื้นที่บ่อเลี้ยง บ่อบำบัดน้ำ บ่อพักน้ำ และบ่อตกตะกอน เป็นผลให้สามารถหมุนเวียนน้ำกลับมาใช้ใหม่ โดยไม่ต้องระบายน้ำจากการเลี้ยงออกนอกพื้นที่ ทั้งนี้ การบำบัดน้ำเสียในโรงงานแปรรูปอาหาร ทุกโรงงานมีระบบบำบัดน้ำโดยใช้เทคโนโลยีทันสมัย เพื่อให้น้ำที่ผ่านการบำบัดมี ค่า BOD หรือปริมาณออกซิเจนที่จุลินทรีย์ใช้ในการสลายสารอินทรีย์ในน้ำ จะต้องไม่เกิน 20 มิลลิกรัมต่อลิตร ตามที่กรมโรงงานอุตสาหกรรมกำหนดไว้ ซึ่งที่ผ่านมาระบบบำบัดของทุกโรงงานล้วนมีคุณภาพน้ำที่ดีกว่าเกณฑ์ที่กฎหมายกำหนดแทบทั้งสิ้น ส่วนน้ำที่ผ่านการบำบัดแล้ว จะมีขั้นตอนการตรวจคุณภาพน้ำเพื่อให้มั่นใจได้ว่าน้ำมีความสะอาดและมีคุณภาพอย่างแท้จริง โดยติดตั้งระบบ BOD Online สำหรับโรงงานขนาดใหญ่ไว้บริเวณบ่อพักน้ำบ่อสุดท้ายก่อนปล่อยออกนอกโรงงาน โดยระบบนี้จะส่งข้อมูลการตรวจน้ำตรงไปที่กรมโรงงานอุตสาหกรรมด้วยระบบเวลาจริง (Real-time system) ทำให้สามารถติดตามคุณภาพน้ำได้ทุกเวลา และที่บ่อสุดท้ายนี้ยังมีการเลี้ยงปลาทับทิมหรือปลานิลไว้ เพื่อเป็นตัวชี้วัดว่าน้ำในบ่อมีความสะอาดเหมาะสมสำหรับสิ่งมีชีวิตได้อยู่อาศัย และโรงงานแปรรูปยังเปิดต้อนรับผู้สนใจโดยเฉพาะชุมชนให้เข้าชมกระบวนการบำบัดน้ำอย่างเปิดเผยและต่อเนื่อง นอกจากนี้ ซีพีเอฟได้นำน้ำเสียเข้าสู่กระบวนการปรับปรุงและแปรสภาพให้เกิดประโยชน์ด้วยการปรับปรุงระบบบำบัดน้ำเสียจากที่เป็นระบบบ่อหมักไร้อากาศแบบเปิด เป็นระบบหมักไร้อากาศแบบปิด(Anaerobic Baffle Reactor) ทำให้สามารถนำก๊าซชีวภาพที่เกิดขึ้นจากน้ำเสียมาใช้เป็นเชื้อเพลิงทดแทนน้ำมันเตาและก๊าซปิโตเลียมเหลว (LPG) ของหม้อไอน้ำในโรงงานแปรรูปอาหาร 8 แห่ง โดยคาดว่าจะสามารถผลิตแก๊สชีวภาพได้ปีละกว่า 6.59 ล้านลูกบาศก์เมตร ทดแทนการใช้ก๊าซธรรมชาติกว่า 71.99 ล้านลูกบาศก์ฟุตต่อปี ทดแทนน้ำมันเตาได้กว่า 5 แสนลิตรต่อปี และทดแทนก๊าซ LPG ได้ร่วม 9 แสนกิโลกรัมต่อปี ช่วยลดการปล่อยก๊าซเรือนกระจกสู่บรรยากาศได้กว่า 8,460 ตันคาร์บอนไดออกไซด์เทียบเท่าต่อปี