สำหรับเบื้องต้นจะมีเรือให้บริการทั้งสิ้น 10 ลำ ให้บริการ 2 ช่วงเวลา รอบเช้า ระหว่างเวลา 06.00–09.00 น. และรอบเย็น ระหว่างเวลา 16.00–19.30 น. ทุกวัน ยกเว้นวันหยุดนักขัตฤกษ์ ซึ่งจะมีเรือออกจากท่าเทียบเรือทุกๆ 30 นาที โดยกำหนดมาตรฐานความปลอดภัย ดังนี้ 1. จำกัดความเร็วเดินเรือไม่เกิน 10 กม./ชม. 2. มีอุปกรณ์ชูชีพสำหรับผู้โดยสารทุกที่นั่ง 3. สามารถตรวจสอบตำแหน่งเรือด้วยระบบ GPS 4. มีเจ้าหน้าที่รักษาความปลอดภัยทุกท่าเรือ 5. ทางขึ้นลงสะดวกสบาย และ 6. จำกัดผู้โดยสารไม่เกิน 60 ท่าน มีที่นั่งทุกที่
โครงการทดลองเดินเรือคลองภาษีเจริญ มีระยะทาง 11.5 กม. มีท่าเทียบเรือจำนวน 15 ท่า ประกอบด้วย ท่าเรือประตูน้ำภาษีเจริญ, ท่าเรืออู่รถเมล์สาย 9, ท่าเรือประชารัฐ, ท่าเรือสะพานตากสิน-เพชรเกษม, ท่าเรือวัดอ่างแก้ว,ท่าเรือเพชรเกษม 31, ท่าเรือวัดรางบัว, ท่าเรือเพชรเกษม 35, ท่าเรือเพชรเกษม 37, ท่าเรือเพชรเกษม 39, ท่าเรือวัดนิมมานรดี,ท่าเรือเกษตร-บางแค, ท่าเรือสะพานกาญจนาภิเษก, ท่าเรือวัดม่วง และท่าเรือเพชรเกษม 69 ซึ่งประชาชนสามารถเชื่อมต่อการเดินทางรถไฟฟ้า BTS ได้ที่สถานีบางหว้า
"ระหว่างนี้กทม. จะประชาสัมพันธ์เส้นทางเดินเรือให้ประชาชนได้รับทราบ พร้อมเปิดให้บริการประชาชนร่วมทดลองการเดินเรือคลองภาษีเจริญ ได้ตั้งแต่วันที่ 24 เม.ย. เป็นต้นไป โดยไม่เสียค่าใช้จ่าย และจะมีการแถลงข่าวเปิดเดินเรืออย่างเป็นทางการในเดือน พ.ค. 57 ในช่วงทดลองเดินเรือจะมีการเก็บข้อมูลเพื่อประเมินผลนำไปปรับปรุงการเดินเรือให้มีประสิทธิภาพ และเพื่อพิจารณาอัตราค่าโดยสารที่เหมาะสมต่อไป โดยกทม. ได้มอบหมายบริษัท กรุงเทพธนาคม จำกัด เป็นผู้บริหารการจัดการเดินเรือ" นายอมร กล่าว