โดยแบ่งการขับเคลื่อนงานการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็น 3 ระดับ คือ ระดับนโยบาย มี หัวหน้า คสช. เป็นผู้รับผิดชอบในการกำหนดนโยบายและแนวทางการแก้ไขปัญหาทั้งปวง โดยมีสภาความมั่นคงแห่งชาติ (สมช.) ให้การปรึกษาในเรื่องที่เกี่ยวข้องกับนโยบาย รวมทั้งการจัดทำนโยบายการแก้ไขปัญหาในห้วงต่อไป คือ นโยบายการบริหารและการพัฒนาจังหวัดชายแดนภาคใต้ พ.ศ.2558-2560
ระดับแปลงนโยบายไปสู่การปฏิบัติ ให้จัดตั้งคณะทำงานขับเคลื่อนการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยมี รอง ผบ.ทบ. เป็นประธาน และเลขาธิการสภาความมั่นคง เป็นเลขานุการ รับผิดชอบในการบูรณาการงานการแก้ไขปัญหาของหน่วย ส่วนราชการ รวมทั้งกลไกที่ทำหน้าที่ในการบริหารจัดการการแก้ไขปัญหาจังหวัดชายแดนภาคใต้ ที่มีอยู่เดิม โดย กอ.รมน. ซึ่งจัดตั้งขึ้นตาม พ.ร.บ.การรักษาความมั่นคงภายในราชอาณาจักร พ.ศ.2551 และ ศูนย์อำนวยการบริหารจังหวัดชายแดนภาคใต้ (ศอ.บต.) ซึ่งจัดตั้งขึ้นตาม พ.ร.บ.การบริหารราชการจังหวัดชายแดนภาคใต้ พ.ศ.2553 ร่วมกันเป็นหน่วยรับผิดชอบหลักในการบูรณาการแผนการปฏิบัติ ให้มีการประสานสอดคล้องกันอย่างเป็นระบบ รวมทั้งแผนงานโครงการของกระทรวงและหน่วยงานที่เกี่ยวข้องกับการแก้ไขปัญหา ในมิติของงานด้านความมั่นคงและมิติของงานด้านการพัฒนา
ระดับหน่วยปฏิบัติ ให้ กอ.รมน.ภาค 4 ส่วนหน้า เป็นหน่วยรับผิดชอบหลักในการขับเคลื่อนงานการแก้ไขปัญหาทั้งปวงในพื้นที่ ทั้งในมิติของงานด้านความมั่นคงและงานด้านการพัฒนา โดย ศอ.บต. จัดตั้ง ศอ.บต.ส่วนหน้า ให้เป็นหน่วยในโครงสร้างการจัดของ กอ.รมน.ภาค 4 สน.สำหรับโครงสร้างการจัดและอัตรากำลัง รวมถึงลักษณะการปฏิบัติงานของแต่ละส่วนงานนั้น จะได้กำหนดรายละเอียดต่อไป