สำหรับคลองสองต้นนุ่นเป็นคลองสายหลักในการระบายน้ำที่เชื่อมกับคลองสามวาในแนวเหนือ-ใต้ รับน้ำมาจากคลองหกวาสายล่าง จ.ปทุมธานี และคลองสายรองระบายลงสู่คลองแสนแสบและคลองประเวศบุรีรมย์ คลองสองต้นนุ่นเริ่มจากคลองแสนแสบถึงคลองประเวศบุรีรมย์ มีความกว้าง 7-24 เมตร ความยาว 10,300 เมตร คลองลำนายโส ความกว้าง 10-15 เมตร ความยาว 2,500 เมตร และคลองลำตานวย ความกว้าง 20-30 เมตร ความยาว 2,650 เมตร รวมความยาวทั้งหมด 15,450 เมตร
ทั้งนี้ สำนักการระบายน้ำและกลุ่มเขตกรุงเทพตะวันออกได้ระดมกำลังเจ้าหน้าที่กว่า 750 คน พร้อมด้วยวัสดุอุปกรณ์ เช่น รถงับผักตบชวา เรือกำจัดผักตบชวา รถบรรทุกเทท้าย ตระแกรงช้อนขยะ มีดดายหญ้า เป็นต้น เพื่อกำจัดผักตบชวาและเปิดทางน้ำไหล คลองสองต้นนุ่นบริเวณที่เชื่อมต่อคลองลำนายโส และคลองลำตานวยบริเวณวัดปากบึง เพิ่มประสิทธิภาพการระบายน้ำ เตรียมความพร้อมในการรองรับปริมาณน้ำฝนที่ไหลจากท่อระบายน้ำ เร่งระบายน้ำลงสู่คลองประเวศบุรีรมย์ได้สะดวกรวดเร็ว รวมทั้งเป็นการปรับภูมิทัศน์สองฝั่งคลองให้มีสภาพแวดล้อมที่ดี สะอาดและสวยงามยิ่งขึ้น