ทั้งนี้ ศาลได้พิเคราะห์พยานหลักฐานหลังจากได้ไต่สวนแล้วเห็นว่าทรัพย์สิน 49 ล้านบาทที่นายนิพัทธ ได้มาขณะรับตำแหน่งอธิบดีกรมธนารักษ์ ซึ่งนายนิพัทธอ้างว่าได้มาจากการจำหน่ายวัตถุมงคลและการขายที่ดินของภริยานั้น นายนิพัทธไม่ได้นำพยานบุคคลผู้ซื้อวัตถุมงคลมาสืบ รวมถึงที่มาของเงินที่ซื้อด้วย และไม่มีหลักฐานว่าภริยาได้รับเงินค่าขายที่ดินมาอย่างไร รวมทั้งพยานบุคคลที่นายนิพัทธนำมาสืบไม่น่าเชื่อถือ
เมื่อนายนิพัทธไม่สามารถพิสูจน์ได้ว่าทรัพย์สิน 49 ล้านบาทไม่ได้เกิดจากการร่ำรวยผิดปกติตามที่ถูกกล่าวหา ตาม พ.ร.บ.ว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต พ.ศ.2542 มาตรา 81 แต่พยานหลักฐานที่นำสืบมาไม่มีน้ำหนักหักล้างพยานของอัยการ จึงฟังได้ว่าตั๋วสัญญาใช้เงินในชื่อนางอุบล พุกกะณะสุต และบุตรสาวดังกล่าวมาจากทรัพย์สินที่นายนิพัทธ ถูกกล่าวหามีมากผิดปกติหรือเพิ่มขึ้นมากผิดปกติ และเป็นการร่ำรวยผิดปกติ ศาลแพ่งจึงมีคำสั่งให้ทรัพย์สินจำนวน 49 ล้านบาทตกเป็นของแผ่นดิน ตาม พ.ร.บ.ว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริตฯ มาตรา 80(2)