ทั้งนี้ จากการตรวจสอบพบว่าโครงการดังกล่าวไม่ได้จัดทำขึ้นจากความต้องการ ความจำเป็น ความขาดแคลน ของโรงเรียนอย่างแท้จริง แต่ได้มีการระบุชื่อโรงเรียนไว้ก่อนแล้ว โดยมีบุคคลที่อ้างว่าเป็นผู้ประสานงานของสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไปประสานงานกับสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาและโรงเรียนให้โรงเรียนเลือกว่าจะรับโครงการนี้หรือไม่เท่านั้น ซึ่งโรงเรียนเลือกรับโครงการทั้งๆ ที่ไม่มีความรู้ในระบบงานซอฟต์แวร์ เนื่องจากต้องการพัฒนาโรงเรียน
นอกจากนี้ ยังมีการจัดสรรงบประมาณในลักษณะผูกขาดโดยพฤติการณ์ของผู้ประสานงานของสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรอ้างว่า งบแปรญัตติเป็นของสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรที่ต้องดำเนินการตามรายละเอียด TOR และคุณลักษณะเฉพาะที่โครงการกำหนดเท่านั้น ไม่สามารถปรับเปลี่ยนรายละเอียดใดๆ ได้ ทำให้โรงเรียนบางแห่งไม่สามารถดำเนินการได้ ต้องขอคืนงบประมาณ
สตง.ได้ตรวจสอบกระบวนการจัดซื้อจัดจ้างโครงการดังกล่าว พบความผิดปกติ เช่น มีการกำหนดราคากลางสูงเกินกว่าที่ควรจะเป็น และกำหนดราคากลางซ้ำซ้อนทำให้เกิดความเสียหายเป็นเงินรวมประมาณ 173,806,790 บาท มีการเอื้อประโยชน์ให้กับผู้รับจ้างรายใดรายหนึ่ง รวมทั้งมีพฤติการณ์สมยอมการเสนอราคาและมีผลประโยชน์ร่วมกัน นอกจากนี้ สตง.ได้ตรวจสอบการใช้ประโยชน์จากโครงการพบว่ามีครุภัณฑ์ที่จัดซื้อแต่ไม่ได้ใช้ประโยชน์เป็นเงิน 26,686,000 บาท
นายชัยสิทธิ์ ตราชูธรรม ประธานกรรมการตรวจเงินแผ่นดิน เปิดเผยว่า เรื่องดังกล่าวได้นำเข้าที่ประชุมคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินเพื่อพิจารณาแล้ว ที่ประชุมเห็นว่าการใช้จ่ายเงินงบประมาณโครงการดังกล่าวไม่เป็นไปตามวัตถุประสงค์และไม่มีคุณภาพ ทำให้โรงเรียนไม่สามารถก้าวสู่มาตรฐานสากลได้อย่างแท้จริง ให้แจ้งรัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการ และสำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐานแต่งตั้งคณะกรรมการสอบข้อเท็จจริง และขยายผลการตรวจสอบให้ครอบคลุมทุกโรงเรียนที่ได้รับการจัดสรรงบประมาณ หากพบการดำเนินการที่ไม่ถูกต้องไม่เป็นไปตามระเบียบให้พิจารณาโทษตามควรแก่กรณี รวมทั้งให้กำหนดมาตรการและแนวทางการจัดสรรงบประมาณที่เป็นงบแปรญัตติให้มีขั้นตอนที่ชัดเจน โปร่งใส รัดกุม
พร้อมทั้งสั่งกำชับให้สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษา และโรงเรียนในสังกัดให้ถือปฏิบัติตามระเบียบโดยเคร่งครัด และให้ สตง. ส่งเรื่องดังกล่าวไปยังประธานคณะกรรมการติดตามและตรวจสอบการใช้จ่ายงบประมาณภาครัฐ (คตร.) เพื่อดำเนินการตามอำนาจหน้าที่ต่อไป