สำหรับค่าความเค็มในแม่น้ำเจ้าพระยาและแม่น้ำท่าจีนยังอยู่ในเกณฑ์ปกติ โดยกรมชลประทาน ได้มีการตรวจวัดค่าความเค็มในแม่น้ำเจ้าพระยาอย่างต่อเนื่อง ซึ่งจุดตรวจวัดน้ำในแม่น้ำเจ้าพระยาที่สำแล มีค่าความเค็มเฉลี่ยประมาณ 0.14 กรัมต่อลิตร ต่ำกว่าค่ามาตรฐาน เพื่อการผลิตประปาที่กำหนดไว้ไม่เกิน 0.25 กรัมต่อลิตร ไม่ส่งผลกระทบต่อน้ำดิบผลิตประปาของการประปานครหลวง รวมทั้งในลุ่มน้ำท่าจีน ค่าความเค็มยังอยู่ในเกณฑ์ปกติ คือ ที่ปากคลองจินดา 0.30 กรัมต่อลิตร ต่ำกว่าค่ามาตรฐานที่กล้วยไม้รับได้คือ 0.75 กรัมต่อลิตร จึงไม่ส่งผลกระทบต่อสวนกล้วยไม้ในคลองจินดาแต่อย่างใด
ในส่วนของค่าความเค็มในแม่น้ำปราจีนบุรี บริเวณ อ.เมือง จ.ปราจีนบุรี ปัจจุบันยังไม่มีผลกระทบ เนื่องจากพื้นที่นาข้าวได้เก็บเกี่ยวหมดแล้ว ส่วนในเขต อ.บ้านสร้าง มีค่าความเค็มสูงถึง 8.20 กรัมต่อลิตร การประปาส่วนภูมิภาคได้ปรับเปลี่ยนไปใช้แหล่งน้ำในสระน้ำ คลอง หนองสาธารณะแทนแล้ว เนื่องจากใช้น้ำดิบรายวันไม่มากนัก ทั้งนี้ ผลกระทบที่สำคัญจะเกิดเมื่อความเค็มรุกถึงตัว อ.เมืองปราจีนบุรี ซึ่งเป็นจุดสูบน้ำของการประปาส่วนภูมิภาค สาขาปราจีนบุรี และโรงพยาบาลอภัยภูเบศร ได้เตรียมแผนการรับมือไว้แล้ว โดยโรงพยาบาลอภัยภูเบศร จะใช้น้ำจากการประปาปราจีนบุรี ซี่งจะรับน้ำจากแม่น้ำปราจีนบุรีในช่วงน้ำลง และผสมกับน้ำจากสระสำรองหนองอ้อ ที่สามารถจัดสรรน้ำได้ถึงประมาณต้นเดือนพฤษภาคมนี้
อย่างไรก็ตาม หากน้ำเค็มยาวนาน การประปาปราจีนบุรีกำลังวางท่อไปรับน้ำจากอ่างเก็บน้ำคลองไม้ปล้อง คาดว่าจะแล้วเสร็จปลายเดือนมีนาคม 59 นอกจากนี้ อ่างเก็บน้ำคลองพระสทึง จ.สระแก้ว ยังสามารถระบายน้ำลงแม่น้ำปราจีนบุรี ช่วยรักษาคุณภาพน้ำได้ถึง อ.ศรีมหาโพธิ์ (เหนือ อ.เมือง 20 กม.) ได้อีกวันละ 300,000 ลูกบาศก์เมตร
อนึ่ง เมื่อวันที่ 12 มี.ค.59 ที่ผ่านมา ได้เกิดฝนตกหนักบริเวณ อ.เมืองปราจีนบุรี วัดได้ 82 มิลลิเมตร ทำให้มีปริมาณน้ำส่วนหนึ่งไหลลงสู่แม่น้ำปราจีนบุรี คาดว่าจะช่วยให้ค่าความเค็มลดลงได้บ้าง