กรมเจ้าท่า กระทรวงคมนาคม ได้กำหนดมาตรการความปลอดภัย และการควบคุมการจราจรทางน้ำในวันลอยกระทงคืนวันจันทร์ที่ 14 พฤศจิกายน 2559 โดยขอความร่วมมือไปยังผู้ประกอบกิจการ ผู้ใช้เรือ ผู้ครอบครอง โป๊ะเทียบเรือ ติดตั้งป้ายระบุจำนวนคนที่สามารถรับน้ำหนักในที่มองเห็นชัดเจน พร้อมติดตั้งไฟส่องสว่างตลอดทั่วบริเวณโป๊ะเรือและทางขึ้น-ลง ต้องมีพวงชูชีพประจำทุกโป๊ะ
อีกทั้งให้เจ้าของเรือและผู้ควบคุมเรือ ทำการตรวจสภาพเรือให้มีความปลอดภัย ให้มีป้ายระบุจำนวนรองรับผู้โดยสารติดอยู่ข้างตัวเรือ มีอุปกรณ์ช่วยชีวิต เช่น เบาะชูชีพ เสื้อชูชีพ และเครื่องมือดับเพลิง ให้อยู่ในสภาพพร้อมใช้งานได้ตลอดเวลา ประชาชนทั่วไปก็ให้ระมัดระวังในการขึ้น-ลงเรือ หรือในขณะเรือโคลงให้ผู้โดยสารพยายามจับพนักที่นั่ง รวมทั้งแต่งกายให้เหมาะสมและถอดง่ายเพื่อสะดวกแก่ผู้ช่วยเหลือ ห้ามดื่มสุราหรือเสพของมึนเมา ห้ามจุดดอกไม้ไฟในเรือ บนโป๊ะท่าเทียบเรือ เพราะอาจทำให้เกิดอันตรายแก่เรือลำอื่นและประชาชนทั่วไปได้
โดยเรือทุกลำต้องปฏิบัติตาม อย่างเคร่งครัดและให้ปฏิบัติตามคำสั่งของเจ้าหน้าที่กรมเจ้าท่า ซึ่งปฏิบัติหน้าที่อยู่ในเรือรักษาการณ์และตามท่าเรือต่างๆ ตามมาตรา 52 ทวิ พรบ.การเดินเรือในน่านน้ำไทย พ.ศ.2456 และที่แก้ไขเพิ่มเติม หากผู้ใดฝ่าฝืนมีโทษปรับตั้งแต่ 500 - 1,000 บาท และกรมเจ้าท่า มีอำนาจยึดประกาศนียบัตรของผู้ควบคุมเรือได้
นอกจากนี้ กรมเจ้าท่า ได้ออกประกาศกำหนดให้แม่น้ำเจ้าพระยาเป็นพื้นที่ควบคุมการเดินเรือในช่วงเทศกาลวันลอยกระทง ระหว่างเวลา 16.00 – 24.00 น. ตั้งแต่ทิศเหนือจากสะพานพระราม 7 จนถึงทิศใต้ที่สะพานพระราม 9 โดยห้ามเรือเดินทะเล เรือลากจูงลำเลียงสินค้า เรือบรรทุกสินค้าอันตรายเดินเรือในเวลาดังกล่าว ส่วนเรือข้ามฟากสามารถให้บริการได้ตามปกติ สำหรับเรือโดยสารที่เดินเรือเข้าเขตควบคุม ให้เรือที่ล่องไปทางทิศใต้เดินเรือชิดฝั่งตะวันตก(ฝั่งธนบุรี) และเรือที่ล่องขึ้นทางทิศเหนือให้เดินเรือชิดฝั่งตะวันออก(พระนคร) โดยต้องเดินเรือด้วยความระมัดระวังเป็นพิเศษ เพื่อเป็นการส่งเสริมการท่องเที่ยวพร้อมกับสร้างความปลอดภัยในช่วงที่มีประชาชนและนักท่องเที่ยวหนาแน่น
ในปีนี้ กรมเจ้าท่ามีการปฏิบัติการด้านความปลอดภัยเป็นพิเศษในคืนวันลอยกระทง ประกอบด้วย เจ้าหน้าที่ผู้ปฏิบัติงานของกรมฯ รวมทั้งสิ้น 176 คน พร้อมด้วยเรือยนต์ตรวจการณ์จำนวน 14 ลำ แยกเป็น เรือตรวจการณ์ทั่วไป 2 ลำ, เรือรักษาการณ์ประจำพื้นที่ 12 ลำ, เจ้าหน้าที่รักษาการณ์ 30 คน, เจ้าหน้าที่ประจำเรือ 30 คน, เจ้าหน้าที่ประจำท่าเทียบเรือ 108 คน จำนวน 62 ท่าเรือ, เจ้าหน้าที่ประจำศูนย์อำนวยความสะดวกและดูแลความปลอดภัยทางน้ำ 8 คน รวมทั้งเครือข่ายอาสาวารีกรมเจ้าท่า และยังได้รับความร่วมมือจากหน่วยงานเครือข่ายทั้งภาครัฐและเอกชน อาทิ กองทัพเรือ, สำนักงานตำรวจแห่งชาติ, กองบังคับการตำรวจน้ำ, กรุงเทพมหานคร, มูลนิธิป่อเต็กตึ้งฯ, มูลนิธิร่วมกตัญญูสมาคมเรือไทย, หน่วยแพทย์กู้ชีวิต, สถาบันการแพทย์ฉุกเฉินแห่งชาติ, เรือด่วนเจ้าพระยา และศูนย์ปลอดภัย กระทรวงคมนาคม ในการประสานความร่วมมือกันอีกด้วย ทั้งนี้ กรมเจ้าท่ายังได้จัดเตรียมกระชอนสำหรับการลอยกระทงไว้ตามท่าเรือต่างๆ เพื่ออำนวยความสะดวกและเพื่อความปลอดภัยแก่ประชาชน