เมื่อเวลาประมาณ 03.30 น. หน่วยปฏิบัติการพิเศษ (นปพ.) สนธิกำลังร่วมกับทุกหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เข้าตรวจสอบพิสูจน์ทราบเป้าหมายในพื้นที่บ้านเจาะโบ หมู่ 1 ตำบลแป้น อำเภอสายบุรี จังหวัดปัตตานี โดยได้ทำการปิดล้อมบ้านต้องสงสัย ซึ่งต่อมาเจ้าของบ้านได้ออกมาแสดงตัวและให้ข้อมูลว่า ในบ้านมีผู้ชาย 2 คนซึ่งมาจากอำเภอตากใบ จังหวัดนราธิวาส
เจ้าหน้าที่จึงได้เชิญผู้นำศาสนาและผู้นำชุมชนให้มาช่วยเรียกผู้ชายทั้งสองคนให้ออกมาแสดงตน แต่ไม่ได้รับการตอบรับ และต่อมาผู้ต้องสงสัยได้ใช้อาวุธปืนยิงใส่ฝ่ายเจ้าหน้าที่แต่ไม่มีผู้ได้รับบาดเจ็บ
หลังจากนั้นจึงเกิดการปะทะขึ้นส่งผลให้ผู้ต้องสงสัยทั้ง 2 คนเสียชีวิต ทราบภายหลังว่าทั้ง 2 เป็นผู้ก่อการร้ายชุดปฏิบัติการ (ชุดพิเศษ) โดย 1 ใน 2 รายเป็นบุคคลมีหมายจับ