นายพุทธิพงษ์ ปุณณกันต์ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงดิจิทัลเพื่อเศรษฐกิจและสังคม (ดีอีเอส) กล่าวถึงเหตุผลที่ไม่รวมแอปพลิเคชัน "ไทยชนะ" กับ "หมอชนะ" ไว้ด้วยกัน เพื่อให้ง่ายต่อการใช้งาน โดยระบบการทำงานไม่เหมือนกัน การใช้ไทยชนะครั้งนั้นเพราะสถานการณ์ของประเทศไทยผ่อนคลายลงมาก ซึ่งเป็นรูปแบบการเช็กอิน เช็กเอ้าท์ ถ้าพบว่ามีใครติดเชื้อต้องมานั่งดูว่ามีใครอยู่ในเวลาใกล้เคียงกันแล้วโทรไปแจ้ง แต่ในปัจจุบันมีการแพร่ระบาดมากมีการเดินทางไปในที่ต่าง ๆ ระบบของหมอชนะที่ติดตามโดย จีพีเอส และ บลูทูธ จะทำได้ดีกว่า แต่ถ้าจะใช้ทั้ง 2 แอปพลิเคชันก็ได้ ซึ่งแอพพลิเคชั่น ทั้ง 2 ตัวแตกต่างกันที่ระบบการทำงาน
ขณะที่เบื้องต้น หากประชาชนโหลดแอปพลิเคชัน หมอชนะ ในครั้งแรกจะมีสถานะสีเขียว บอกว่ามีความเสี่ยงต่ำ แต่เมื่อยินยอมให้ติดตามการเดินทางการพบปะผู้คน จากนั้นหากพบว่ามีความใกล้ชิดกับผู้เสี่ยง ที่ได้โหลดแอปหมอชนะด้วย ระบบก็จะแจ้งเตือนเปลี่ยนสี และรหัสตัวเลขไม่ใช่ชื่อ นามสกุล หรือข้อมูลส่วนบุคคล ซึ่งผู้ที่จะเข้าไปดูข้อมูลตัวเลขนี้ มีเพียงแค่กรมควบคุมโรค กระทรวงสาธารณสุขเท่านั้น ยืนยันว่า มีความปลอดภัยเรื่องข้อมูลส่วนบุคคล ประชาชนไม่ต้องกลัวว่าข้อมูลจะถูกเก็บไว้เพราะเป็นแค่ตัวเลข
ทั้งนี้จำเป็นที่ผู้ใช้แอปพลิเคชัน ต้องเปิดบลูทูธไว้ตลอด เพื่อจะติดตามและแจ้งเตือนได้ทันที และสามารถใช้ได้ทั้งแอปพลิเคชันหมอชนะ และ ไทยชนะ ร่วมกันได้ จะยิ่งดี