พล.อ. ประวิตร วงษ์สุวรรณ รองนายกรัฐมนตรี เปิดเผยภายหลังการประชุมคณะอนุกรรมการบริหาร พัฒนา อนุรักษ์ และฟื้นฟูคลองแสนแสบ ครั้งที่ 3/2564 ว่า ได้มอบหมายให้กรุงเทพมหานคร (กทม.) และกรมชลประทาน เตรียมความพร้อมในการบริหารจัดการน้ำในช่วงฤดูฝน ปี 2564 ร่วมกัน เพื่อลดผลกระทบที่อาจเกิดขึ้นกับประชาชน โดยในกรณีเกิดน้ำหลากจากพื้นที่เหนือกรุงเทพมหานคร ให้ดำเนินการเบี่ยงปริมาณน้ำหลากไม่ให้เข้าพื้นที่โดยใช้คลองแนวขวาง และคลองแนวดิ่ง ตัดปริมาณน้ำหลากบางส่วนเพื่อระบายน้ำออกสู่แม่น้ำเจ้าพระยา แม่น้ำนครนายก และแม่น้ำบางปะกง ใช้ประตูระบายน้ำ และสถานีสูบน้ำระบายน้ำออกจากคลอง
ส่วนปริมาณน้ำที่เหลือให้ระบายลงสู่คลองแนวดิ่ง ได้แก่ คลอง 1 ถึง คลอง 17 คลองพระองค์ไชยานุชิด และคลองด่าน เพื่อระบายน้ำลงสู่คลองชายทะเล ซึ่งมีการติดตั้งสถานีสูบน้ำทั้งหมด 12 สถานี สำหรับเร่งระบายน้ำหลากออกสู่ทะเลโดยเร็ว ในส่วนของกรณีมีฝนตกหนักในพื้นที่ กทม. ไม่สามารถระบายน้ำได้ทัน มอบหมายให้กรมชลประทานใช้สถานีสูบน้ำบริเวณรอยต่อกรุงเทพฯ สูบน้ำออกจากพื้นที่ลงสู่คลองชลประทาน ก่อนระบายลงสู่แม่น้ำและอ่าวไทยต่อไป สำหรับในเขตกรุงเทพชั้นใน บริเวณเขตพระนครจะลดระดับน้ำตามแผน เพื่อใช้เป็นแก้มลิงรองรับน้ำฝน และควบคุมระดับน้ำให้เหมาสมต่อการเดินเรือในคลองด้วย
นอกจากนี้ ยังได้มอบหมายให้สำนักงานทรัพยากรน้ำแห่งชาติ (สทนช.) เร่งรัดขับเคลื่อนโครงการสำคัญของกรุงเทพมหานครและหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง เช่น โครงการก่อสร้างเขื่อนป้องกันตลิ่ง และโครงการบำบัดน้ำเสียตลอดแนวคลองแสนแสบและคลองสาขา เพื่อให้โครงการมีความก้าวหน้าและประสบความสำเร็จตามวัตถุประสงค์ที่วางไว้
สำหรับแผนปฏิบัติการพัฒนาฟื้นฟูสภาพแวดล้อมคลองแสนแสบ ดำเนินการโดย 7 หน่วยงาน ได้แก่ กรุงเทพมหานคร กรมชลประทาน จังหวัดฉะเชิงเทรา กรมเจ้าท่า กรมควบคุมมลพิษ กรมส่งเสริมคุณภาพสิ่งแวดล้อม กรมโรงงานอุตสาหกรรม จำนวน 84 โครงการ ที่ได้ผ่านความเห็นชอบของคณะกรรมการทรัพยากรน้ำแห่งชาติไปแล้ว ในการประชุมครั้งที่ 1/2564 นั้น ที่ประชุมมีมติให้กรุงเทพมหานครและ กระทรวงมหาดไทย เร่งรัดดำเนินการเสนอแผนฯ ต่อคณะรัฐมนตรี ในระยะเวลาที่กำหนด เพื่อให้สามารถขับเคลื่อนการดำเนินการได้ตามแผนต่อไป