นายอนุชา บูรพชัยศรี โฆษกประจำสำนักนายกรัฐมนตรี กล่าวว่า องค์การเภสัชกรรม (อภ.) ได้ชี้แจงถึงการกำหนดราคาขายวัคซีนโมเดอร์นา ซึ่งเป็นวัคซีนทางเลือกให้กับโรงพยาบาลเอกชนว่า องค์การเภสัชกรรมไม่ได้บวกกำไรหรือบวกภาษีนำเข้าในราคาที่ขายให้กับโรงพยาบาลเอกชนแต่อย่างใด ทั้งนี้ องค์การเภสัชกรรมชี้แจงว่า ได้คิดราคาขายจากราคาวัคซีนที่ได้รับจากตัวแทนผู้ผลิต ซึ่งในกรณีวัคซีนโมเดอร์นาคือ บริษัท ซิลลิค ฟาร์มา จำกัด แล้วจึงนำมารวมกับภาษีมูลค่าเพิ่มและค่าใช้จ่ายส่วนอื่น ๆ เช่น ค่าเก็บรักษา ค่าขนส่ง ค่าประกันภัยรายบุคคล เพื่อให้ความคุ้มครองกับผู้ที่ได้รับการฉีดวัคซีนทางเลือกในกรณีที่อาจมีอาการไม่พึงประสงค์เท่านั้น โดยไม่ได้บวกกำไรหรือบวกภาษีนำเข้าในราคาที่ขายให้กับโรงพยาบาลเอกชนแต่อย่างใด อีกทั้ง กรมศุลกากรยังได้ชี้แจงเพิ่มเติมว่า ปัจจุบันการนำเข้าวัคซีนและอุปกรณ์การแพทย์ต่างๆนั้น ได้รับการยกเว้นการเก็บภาษีนำเข้าอยู่แล้ว สำหรับของที่นำเข้ามาใช้ในการรักษา วินิจฉัย หรือป้องกันโรคติดเชื้อไวรัสโควิด-19 ตามรายการที่กระทรวงสาธารณสุขกำหนด เพื่อดูแลและเยียวยาผู้ที่ได้รับผลกระทบจากการแพร่ระบาดของเชื้อไวรัสโควิด-19 โดยจะมีผลบังคับใช้ไปจนถึงเดือนมีนาคม 2565
ทั้งนี้ จะมีการเก็บเพียงภาษีมูลค่าเพิ่ม (VAT) ที่ 7% จากผู้นำเข้าเพียงอย่างเดียวเท่านั้น ซึ่งในส่วนของภาษีซื้อนี้ บริษัทผู้นำเข้าสามารถขอคืนได้หรือเอาไปหักออกจากภาษีขายได้ด้วย ดังนั้น หากนำเข้ามาแล้วขายต่อโดยไม่คิดกำไร บริษัทผู้นำเข้าก็สามารถขอคืน VAT ได้ทั้งหมดอยู่แล้ว แต่หากมีการนำเข้ามาแล้วบริษัทผู้นำเข้าขายทำกำไร ก็จะเสียภาษีมูลค่าเพิ่มเฉพาะส่วนต่างกำไรที่เกิดขึ้นเท่านั้น
สำหรับประเด็นที่มีกระแสข่าวว่าประชาชนต้องแบกรับภาษีมูลค่าเพิ่ม จากการที่โรงพยาบาลเอกชนเรียกเก็บนั้น กรมสรรพากรได้ชี้แจงว่า การให้บริการรักษาพยาบาลของสถานพยาบาลตามกฏหมายว่าด้วยสถานพยาบาลนั้น จะได้รับการยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่มอยู่แล้ว ดังนั้น โรงพยาบาลเอกชนจึงได้รับการยกเว้นภาษีมูลค่าเพิ่มเช่นกัน จึงไม่สามารถเรียกเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มจากวัคซีนทางเลือกที่ให้บริการแก่ประชาชนได้อีก แต่หากโรงพยาบาลเอกชนมีกำไรจากการประกอบการก็เป็นหน้าที่ในการเสียภาษีกำไรเช่นเดียวผู้ประกอบการในลักษณะอื่นๆ