ศาลปกครองสูงสุดมีคำสั่งกลับคำสั่งของศาลปกครองชั้นต้น เป็นให้รับคำขอให้ศาลพิจารณาพิพากษาคดีโฮปเวลล์ของกระทรวงคมนาคม และการรถไฟแห่งประเทศไทย (รฟท.) กับบริษัท โฮปเวลล์ (ประเทศไทย) จำกัด ไว้พิจารณาใหม่
กรณีในคดีนี้สืบเนื่องมาจากศาลปกครองสูงสุดมีคำพิพากษาให้ยกคำร้องของกระทรวงคมนาคม และ รฟท.ที่ขอให้เพิกถอนคำชี้ขาดของคณะอนุญาโตตุลาการ และบังคับตามคำชี้ขาดของคณะอนุญาโตตุลาการที่ให้กระทรวงคมนาคม และ รฟท.ร่วมกันหรือแทนกันชดใช้ค่าตอบแทนตามสัญญาสัมปทาน 2,850,000,000 บาท คืนหนังสือค้ำประกัน และค่าธรรมเนียมการออกหนังสือค้ำประกัน 38,749,800 บาท กับเงินที่ โฮปเวลล์ ใช้ในการก่อสร้างโครงการ จำนวน 9,000,000,000 บาทพร้อมดอกเบี้ยแก่โฮปเวลล์
โดยอ้างว่าการนับระยะเวลาหรืออายุความในการยื่นข้อเรียกร้องของโฮปเวลล์ต่ออนุญาโตตุลาการในคดีนี้ ตามมาตรา 51 แห่งพ.ร.บ.จัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ.2542 ต้องเริ่มนับตั้งแต่วันที่โฮปเวลล์ รู้หรือควรรู้เหตุแห่งการฟ้องคดี คือ ตั้งแต่วันที่ 30 ม.ค.41 ซึ่งเป็นวันที่หนังสือบอกเลิกสัญญาของกระทรวงคมนาคม และ รฟท.ไปถึงโฮปเวลล์ ไม่ใช่นับตั้งแต่วันที่ 9 มี.ค.44 อันเป็นวันที่ศาลปกครองเปิดทำการ
ทั้งนี้ กระทรวงคมนาคม และ รฟท.เห็นว่า ข้อเท็จจริงและข้อกฎหมายที่กล่าวอ้างเข้าหลักเกณฑ์และองค์ประกอบการพิจารณาคดีใหม่ตามมาตรา 75 (1) (4) แห่งพ.ร.บ.จัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ.2542
เมื่อข้อพิพาทได้เกิดขึ้นก่อนที่ศาลปกครองเปิดทำการ การนับอายุความการฟ้องคดีต่อศาลปกครอง จึงเริ่มนับตั้งแต่วันที่ศาลปกครองเปิดทำการ คือ วันที่ 9 มี.ค.44 เมื่อโฮปเวลล์ยื่นคำเสนอข้อพิพาทต่อคณะอนุญาโตตุลาการเมื่อวันที่ 24 พ.ย.47 อันเป็นการยื่นภายในกำหนดระยะเวลาห้าปีนับแต่วันที่มีข้อโต้แย้งเกี่ยวกับสัญญา ข้อพิพาทนี้จึงเป็นข้อพิพาทที่เสนอต่อคณะอนุญาโตตุลาการภายในระยะเวลาโดยชอบแล้ว
ดังนั้น การที่ศาลปกครองสูงสุดในคดีดังกล่าวมีคำพิพากษา โดยเริ่มนับระยะเวลาการฟ้องคดีตามแนวทางที่กำหนดโดยมติที่ประชุมใหญ่ฯ แล้วต่อมาศาลรัฐธรรมนูญวินิจฉัยว่ามติที่ประชุมใหญ่ฯ ดังกล่าวขัดหรือแย้งต่อรัฐธรรมนูญ จึงเป็นกรณีที่ข้อกฎหมายที่ศาลปกครองสูงสุดใช้ในการทำคำพิพากษาหรือมีคำสั่งเปลี่ยนแปลงไปในสาระสำคัญ ทำให้ผลแห่งคำพิพากษาหรือคำสั่งขัดกับกฎหมายที่ใช้บังคับอยู่ในขณะนั้น กระทรวงคมนาคม และ รฟท.จึงชอบที่จะขอให้ศาลปกครองพิจารณาพิพากษาหรือมีคำสั่งชี้ขาดคดีปกครองใหม่ได้ ตามมาตรา 75 วรรคหนึ่ง (4) แห่งพ.ร.บ.จัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง พ.ศ. 2542