ผลการศึกษาของมหาวิทยาลัยวิสคอนซินที่เผยแพร่ในวารสาร Nature ชี้ว่า ไวรัสไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 สามารถทำลายระบบทางเดินหายใจได้มากกว่าไวรัสไข้หวัดใหญ่ตามฤดูกาล โดยผลการวิจัยในสัตว์ต่างๆ เช่น พังพอน หนู และลิง พบว่า ไวรัสไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ H1N1 มีจำนวนมากขึ้นในระบบทางเดินหายใจ ปอด และสร้างความเสียหายมากขึ้นด้วยเช่นกัน
เมื่อเปรียบเทียบกันพบว่า ไวรัสไข้หวัดใหญ่ตามฤดูกาลจะอยู่แค่ในศีรษะ แต่ไวรัสไข้หวัดใหญ่ 2009 สามารถฝังตัวลงไปได้ลึกกว่าในเนื้อเยื่อปอด ส่งให้ผู้รับเชื้อมีโอกาสที่จะเป็นปอดบวมมากขึ้น ไวรัสไข้หวัดใหญ่ 2009 ยังอาจจะเลียนแบบไวรัสไข้หวัดใหญ่ตามฤดูกาลที่ทำให้เกิดการระบาดไปทั่วโลกเมื่อปี 2461 จนมีผู้เสียชีวิตเป็นจำนวนมาก โดยไวรัสไข้หวัดใหญ่ในอดีตมีฤทธิ์มากกว่าไข้หวัดใหญ่ตามฤดูกาลในแง่ของการทำลายระบบทางเดินหายใจ
ทั้งนี้ คณะวิจัยยังได้วิเคราะห์ตัวอย่างที่เก็บมาจากผู้รอดชีวิตจากเหตุการณ์ไข้หวัดใหญ่ระบาดครั้งใหญ่เมื่อปี 2461 และพบว่า กลุ่มผู้รอดชีวิตดังกล่าวมีภูมิคุ้มกันต่อไวรัสสายพันธุ์ใหม่มากกว่า
อย่างไรก็ดี คณะนักวิจัยของมหาวิทยาลัยวิสคอนซินย้ำว่า อาการป่วยที่เกิดขึ้นจากไวรัสไข้หวัดใหญ่ 2009 นั้นยังอยู่ในระดับปานกลาง และก็ยังไม่มีสัญญาณบ่งชี้ว่าไวรัสไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ดื้อยาต้านไวรัส