กระทรวงสาธารณสุข แรงงาน และสวัสดิการญี่ปุ่นคาดว่า จะมีประชาชนประมาณ 25 ล้านคน หรือประมาณ 20% ติดเชื้อไวรัสไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 ในช่วงที่ไข้หวัดใหญ่ระบาดในประเทศ และคาดว่าจะมีผู้ป่วยเข้ารับการรักษาพยาบาลที่โรงพยาบาลประมาณ 380,000 คน หรือ 1.5% รวมทั้งผู้ป่วยที่คาดว่า จะมีอาการรุนแรงถึงขั้นที่ต้องใช้เครื่องช่วยหายใจประมาณ 40,000 คน หรือ 0.15%
กระทรวงสาธารณสุขฯคาดว่า ช่วงการระบาดสูงสุดในญี่ปุ่นจะเกิดขึ้นปลายเดือนก.ย.หรือต.ค.นี้ โดยในบางภูมิภาค อาจจะมีประชากรในพื้นที่ติดเชื้อมากกว่า 30% รวมถึงพื้นที่ในเมืองที่มีประชาชนกรอยู่หนาแน่นและในชนบทที่มีผู้สูงอายุอาศัยอยู่เป็นจำนวนมาก ซึ่งพื้นที่ดังกล่าว อัตราประชากรที่ต้องเข้ารับการรักษาพยาบาลในโรงพยาบาลอาจจะอยู่ที่ 2.5% และอัตราผู้ป่วยหนักจากการติดเชื้ออาจจะอยู่ที่ 0.5%
สำนักข่าวเกียวโดรายงานว่า เจ้าหน้าที่กระทรวงสาธารณสุข กล่าวว่า ตัวเลขดังกล่าวยังไม่ได้รวมถึงการประเมินเรื่องผลของการฉีดวัคซีน สถิติจริงอาจจะมากกว่านี้เพราะมีการติดเชื้อภายในแต่ละชุมชน และสภาพอากาศ แต่สถานการณ์อาจจะเปลี่ยนมาเลวร้ายที่สุดหากว่าไวรัสมีความรุนแรงมากกว่าเดิม
กระทรวงสาธารณสุขฯได้สั่งการให้หน่วยงานรัฐระดับท้องถิ่นเตรียมความพร้อมรับมือกับการระบาดครั้งนี้ที่อาจจะมีการติดเชื้อมากถึง 2 เท่า ของไข้หวัดใหญ่ตามฤดูกาล รวมถึงผู้ติดเชื้อที่ไม่แสดงอาการและมีอาการเล็กน้อย ซึ่งจำนวนผู้ติดเชื้อโดยรวมอาจจะมากถึง 63 ล้านคน คิดเป็นสัดส่วนครึ่งหนึ่งของประชากร