ญี่ปุ่นได้เริ่มการฉีดวัคซีนป้องกันไข้หวัดใหญ่สายพันธุ์ใหม่ 2009 ให้กับบุคคลากรทางการแพทย์ประมาณ 1 ล้านคนแล้ววันนี้ ซึ่งเป็นไปตามแผนการป้องกันการแพร่ระบาดที่อาจจะเกิดขึ้นอย่างรวดเร็ว โดยได้มีการจัดวัคซีนให้กับบุคลากรทางการแพทย์และสาธารณสุขเป็นอันดับแรกก่อน เนื่องจากบุคลากรในกลุ่มนี้จะต้องสัมผัสกับผู้ป่วยเป็นด่านแรก ต่อจากนั้นจะเป็นการฉีดวัคซีนให้กับหญิงตั้งครรภ์ และผู้ที่มีโรคประจำตัวในเดือนพ.ย.เป็นต้นไป
กลุ่มที่ 3 ที่จะได้รับการฉีดวัคซีนได้แก่ เด็กอายุ 1-8 ปี ซึ่งจะได้รับการฉีดวัคซีนในเดือนธ.ค. รวมทั้งครอบครัวของเด็กทารกในช่วงต้นปีหน้า ซึ่งการจัดลำดับการฉีดวัคซีนนี้เป็นไปตามที่กระทรวงสาธารณสุขของญี่ปุ่นได้จัดทำไว้
สำนักข่าวเกียวโดรายงานว่า กระทรวงสาธารณสุขคาดว่า จะสามารถเร่งกำหนดการณ์ฉีดวัคซีนได้อย่างเร็วที่สุดในสัปดาห์นี้ ขณะที่ผู้เชี่ยวชาญทางการแพทย์เห็นว่า การฉีดวัคซีนที่ผลิตขึ้นในประเทศเพียงช็อตเดียวนั้นถือว่าเพียงพอแล้วสำหรับการฉีดวัคซีนให้กับผู้ที่มีอายุ 13 ปีหรือมากกว่านั้น
ทั้งนี้ กระทรวงสาธารณสุขยังวางแผนที่จะสำรวจความคิดเห็นผู้ที่ได้รับวัคซีนประมาณ 20,000 คนถึงผลข้างเคียงต่างๆที่อาจเกิดขึ้นหลังจากที่ได้รับวัคซีนไปแล้ว