นอกจากนี้ยังพบการทำผิดเงื่อนไขทีโออาร์ ที่เกี่ยวข้องกับเครื่องยนต์หลักดีเซลเรือ ระบบควบคุมการขับเคลื่อน ที่ต้องใช้ยี่ห้อเดียวกันกับเครื่องยนต์หลักและระบบควบคุม โดยผู้เสนอรายหนึ่งเสนอตามเงื่อนไขทีโออาร์ แต่อีกรายทเสนอระบบควบคุมคนละยี่ห้อ โดยประธานคณะกรรมการคัดเลือกแบบเรือ หรือ ประธานคณะกรรมการจัดซื้อจัดจ้าง ระบุว่าไม่มีความชัดเจนในการเชื่อมต่อของระบบ ขณะที่รายที่ได้เสนอเงื่อนไขตามทีโออาร์แพ้การประมูล และร้องเรียนไม่ได้รับความเป็นธรรม
ทั้งนี้ยังได้พบการแข่งขันที่ไม่เป็นธรรม เกี่ยวกับ สมรรถนะของเรือ ซึ่งกำหนดให้ฝ่าคลื่นได้ ระดับ 5 หรือ สูง 4 เมตรลงไป แต่การยื่นซองของผู้ชนะประมูล พบว่าไม่มีความชัดเจน และยังพบยื่นเอกสารเพิ่มเติมภายหลังการกำหนดยื่นเอกสารรอบแรก
"ทำไมถึงท่านไม่ปฏิบัติหน้าที่อย่างสุจริต ทำงานให้มีประสิทธิภาพต่อส่วนราชการ แต่กลับเดินหน้าลงนามให้มีการจัดซื้อโครงการ ผมถึงบอกว่าท่านเป็นรัฐมนตรี ออฟสเปค" นายอลงกรณ์ กล่าว
ด้าน พล.อ.อ.สุกำพล ชี้แจงว่า เรื่องดังกล่าวต่อเนื่องมาจากรัฐบาลชุดก่อน และหลังตนเองเข้ารับตำแหน่งได้มีคำสั่งชะลอการลงนามจัดซื้อ ไม่ใช่มารีดหาผลประโยชน์ และการลงนามเดินหน้าโครงการในช่วงของตนเอง ได้ผ่านการพิจารณามาอย่างรอบคอบ โดยเชิญกองทัพเรือมาหารือที่ห้องทำงาน ถึง 3 ครั้ง ในประเด็นของการยื่นเอกสารภายหลังที่จริงไม่ใช่สาระสำคัญ เนื่องจากเป็นเอกสารเพื่อยืนยันว่าเครื่องยนต์และเครื่องควบคุมระบบการขับเคลื่อน ที่เป็นคนละยี่ห้อ สามารถปฏิบัติงานร่วมกันได้
ทั้งนี้โครงการได้กล่าว ได้มีคำสั่งให้ชะลอในรัฐบาลชุดก่อน เพื่อให้ สตง.ตรวจสอบ และกองทัพเรือได้มีการชี้แจง สตง.ถึง 6 ครั้งแต่ก็ยังไม่มีผลสรุป ขณะที่การร้องเรียนของบริษัทผู้เสนอราคา ได้มีการร้องเรียนหลายแห่ง ทั้ง กรรมาธิการการทหาร วุฒิสภา โดยกรรมาธิการ ได้มีหนังสือสรุปผลการตรวจสอบ เมื่อวันที่ 9 ก.พ.2555 ว่าการชี้แจงทัพเรือ มีพยานบุคคล พยานเอกสารประกอบการชี้แจงถูกต้องกฎหมาย ระเบียบ สอดคล้องกับหลักเกณฑ์การปฏิบัติของทางราชการ มีความเห็นให้ยุติเรื่องร้องเรียน ส่วนที่ สตง. จะส่งเรื่องไป ป.ป.ช. เป็นเรื่องที่กองทัพเรือชี้แจง
"สิ่งที่ผมทำ ไม่ได้เอื้อประโยชน์ให้ใคร อย่างที่ทุกคนทราบว่าผมไม่ทำอย่างที่ใครกล่าวหา แต่ต้องการให้กองทัพเรือมีของดีๆ ใช้ หลังจากที่ถูกดึงเรื่องไว้นานมากแล้ว ผมต้องกล้าหาญที่จะลงนามให้จัดซื้อ โดยไม่มีเรื่องของการทุจริต" พล.อ.อ.สุกำพล กล่าว