ก่อนหน้านี้ไทยตกลงในกระบวนการสำรวจและจัดทำหลักเขตแดนร่วมภายใต้บันทึกความเข้าใจเพื่อกำหนดเส้นเขตแดน มิใช่เป็นกระบวนการทางยุติธรรมครอบคลุมถึงพื้นที่ซึ่งกัมพูชาอ้างในปัจจุบัน แต่กัมพูชากลับมาขอโดยแฝงในคำขอตีความให้ศาลให้ในสิ่งที่ศาลได้ปฏิเสธอย่างชัดแจ้งที่จะชี้ขาดพื้นที่ดังกล่าว คำฟ้องของกัมพูชาเป็นการใช้กระบวนการคดีในทางที่ผิดและไม่เคารพศาล ซึ่งคำขอกัมพูชาไม่อาจรับไว้พิจารณาได้ภายใต้ข้อ 60 ของธรรมนูญศาลว่าด้วยกระบวนการตีความ เพราะองค์ประกอบของอำนาจศาลภายใต้ข้อนี้ไม่ครบ
ข้อพิพาทปัจจุบันเกิดจากการเรียกร้องดินแดนใหม่ของกัมพูชา เพื่อยื่นเสนอขึ้นทะเบียนปราสาทพระวิหารเป็นมรดกโลกฝ่ายเดียว ดังนั้นจึงไม่เกี่ยวกับคดีเดิมที่เกี่ยวกับอธิปไตยเหนือปราสาทที่ได้รับปฏิบัติแล้วทันทีภายหลังจากการมีคำพิพากษา เพราะไทยได้ถอนกำลังทหารออกจากดินแดนกัมพูชาที่เป็นบริเวณสิ่งปรักหักพังของตัวปราสาท และกัมพูชาไม่เคยคัดค้านการควบคุมพื้นที่อย่างเป็นจริง และความชอบธรรมของไทยในอีกฟากหนึ่งของเส้นมติคณะรัฐมนตรี
และยอมรับเองว่ากัมพูชาได้เริ่มเข้าไปในพื้นที่พิพาทช่วงปลายปี 2541 โดยการสร้างวัด และนับจากปี 2543 การรุกล้ำเส้นมติคณะรัฐมนตรีเข้ามาในดินแดนไทย ซึ่งเป็นการละเมิดอย่างชัดแจ้งต่อบันทึกความเข้าใจระหว่างกันเพิ่มมากขึ้น ซึ่งกระทบต่อกระบวนการเจรจาตามบันทึกความเข้าใจฯ และทำให้เกิดการประท้วงอย่างหนักจากไทย
และข้อพิพาทใหม่นี้ตกผลึกในปี 50 เมื่อกัมพูชาเสนอแผนผังขอขึ้นทะเบียนปราสาทพระวิหารฝ่ายเดียวต่อคณะกรรมการมรดกโลกที่รวมดินแดนที่กัมพูชาอ้างล้ำเข้ามาในดินแดนไทยประมาณ 4.5 ตารางกิโลเมตร ทั้ง ๆ ที่ไม่ใช่ “บริเวณใกล้เคียง"ปราสาทตามนัยของคำพิพากษาเมื่อปี 05 เพราะในคำร้องในคดีเดิมกัมพูชามิได้เรียกร้องพื้นที่ขนาดนี้ และเรื่องเขตแดน ดังนั้น ศาลไม่สามารถตัดสินเกินคำร้อง และให้ในสิ่งที่กัมพูชาไม่ได้ขอ ไม่มีการระบุถึงพื้นที่ดังกล่าว ซึ่งเป็นสิ่งที่อธิบายความลำบากของกัมพูชาที่จะพิสูจน์ความมีอยู่ของพื้นที่พิพาทดั้งเดิม โดยทำได้อย่างมากก็ปลอมแปลงเอกสารจดหมายเหตุและโต้แย้งด้วยเส้นจากภาคผนวก 49 ของคำให้การแก้ฟ้องของไทยเมื่อปี 04 ที่ถูกนำไปใช้ในทางที่ผิด
อนึ่ง ไทยก็เสนอเอกสารหลักฐานมากมายที่สามารถโต้แย้งการกล่าวอ้างของกัมพูชาได้ อาทิ อ้างว่าตนไม่รับรู้เส้นมติคณะรัฐมนตรีจนกระทั่งปี 50 หรืออ้างว่าไทยไม่เคยโต้แย้งเส้นเขตแดนตามแผนที่ภาคผนวก 1 และอ้างต่อศาลในวันนี้ ซึ่งมีหลักฐานปรากฏว่ากัมพูชาอ้างเส้นนี้ประมาณปลายทศวรรษ 2000 เท่านั้น และไทยก็เพิ่งรับรู้ในเส้นดังกล่าวในปี 50
นอกจากนี้กัมพูชายังอ้างว่าพื้นที่ปราสาทพระวิหารไม่อยู่ภายใต้การบังคับใช้ของบันทึกความเข้าใจฯ ด้วยผลของคำพิพากษาปี 05 กัมพูชาดำเนินการต่างๆ ที่ไม่เหมาะสมทางกระบวนคดีเพื่อปฏิเสธสิทธิของไทยที่จะได้รับการตัดสินคดีโดยถูกต้องและเป็นธรรม และเพื่อให้ศาลเข้าใจผิดเกี่ยวกับข้อเท็จจริงต่าง ๆ และแม้ว่ากัมพูชาจะเน้นเรื่องการเคารพต่อศาลแต่กลับดำเนินการที่ไม่เหมาะสมทางคดีเพื่อที่จะทำให้ศาลเข้าใจผิดเกี่ยวกับข้อเท็จจริงต่างๆ อาทิ หลักฐานเดียวที่พิสูจน์พื้นที่ที่อ้างว่าเป็นพื้นที่พิพาทเดิมประมาณ 4.5 ตารางกิโลเมตร คือร่างแผนที่ ซึ่งเป็นการปลอมแปลงแผนที่ฉบับและยังได้แถลงอย่างผิดๆ เกี่ยวกับหลักฐานอื่นๆ
จากนั้นศาสตราจารย์ โดนัล เอ็ม แม็คเรย์ ในฐานะทนายฝ่ายไทย แถลงโต้แย้งคดีที่กัมพูชายื่นคำขอให้ศาลตีความคำพิพากษาคดีปราสาทพระวิหารปี 05 หรือ ปี ค.ศ.1962 และพยายามชี้แจงให้เห็นว่าคำร้องของกัมพูชามีความคลุมเครือ อีกทั้งที่ผ่านมากัมพูชาพยายามขอให้ศาลตีความใหม่เพื่อเปลี่ยนแปลงคำพิพากษาในปี 05 ในขณะที่ฝ่ายไทยได้ปฏิบัติตามคำตัดสินของศาลอย่างเคร่งครัด หลังจากที่ศาลมีการออกมาตรการคุ้มครองชั่วคราว เช่น เรื่องการถอนทหาร
ทั้งนี้ ประเทศไทยขอตั้งถามไปถึงกัมพูชาว่า คำถามที่แท้จริงในการที่กัมพูชาต้องการจะให้ศาลโลกตีความนั้น ขอให้มีความชัดเจนโดดเด่น อย่างไรก็ดี มองว่ากัมพูชาอาจไม่สามารถทำให้คำถามมีความโดดเด่นหรือมีประเด็นที่กระจ่างชัดได้ เพราะหากทำให้เห็นชัดเจนก็จะยิ่งทำให้เห็นความไร้สาระของคำถามที่ชัดเจนยิ่งขึ้น
ดังเช่นหนังสือของกัมพูชาเล่มหนึ่งที่ว่า เนื่องจากศาลในปี 1962 ได้ปฏิเสธคำขอของกัมพูชาที่จะกำหนดว่าเส้นบนแผนที่ภาคผนวก 1 นั้นเป็นเขตแดนระหว่างคู่ความ ศาลจึงได้รับการร้องขอให้ตัดสินและชี้ขาดคำตีความที่ถูกต้องของคำพิพากษาในปี 1962 ว่าเส้นบนแผนที่ภาคผนวก 1 นั้นเป็นเขตชายแดนระหว่าง 2 ประเทศ แน่นอนกัมพูชาไม่ได้ถามโดยตรง แต่ซ่อนคำถามไว้ โดยคำถามแต่ละข้อที่สับสน แปลกประหลาด และไม่อาจเป็นตรรกได้ เพื่อจะให้นำไปสู่สิ่งที่ตัวเองต้องการ
"นี่เป็นการพูดอย่างปกปิดโดยอ้อม มีนัย และไม่ได้เป็นคำขอออกมาอย่างชัดเจน เพราะคำขอที่ชัดเจนจะขัดกับข้อเท็จจริงที่ว่า ศาลในปี 1962 ได้ปฏิเสธที่จะกำหนดตัดสินในเรื่องนี้ไปแล้ว ยิ่งไปกว่านั้นที่ไทยได้แจ้งไว้ในคำให้การ มีข้อพิพาทเกี่ยวกับเส้นเขตแดนของ 2 ฝ่าย และเป็นสิ่งที่ทั้ง 2 ฝ่ายพยายามแก้ปัญหาอยู่ ซึ่งทำให้เกิดเป็น MOU ปี 2000 ขึ้นมา" ศาสตราจาย์ แม็คเรย์ ชี้แจงต่อศาล