ก่อนหน้านี้ นายยุนวางแผนว่าจะเจรจากับนายฟูมิโอะ คาชิดะ รัฐมนตรีต่างประเทศของญี่ปุ่นเป็นครั้งแรกในระหว่างการไปเยือนญี่ปุ่นสองวันตั้งแต่วันศุกร์ แต่ก็ยกเลิกแผนดังกล่าวเนื่องจากรัฐมนตรีทั้งสามของญี่ปุ่นไปศาลเจ้ายาซูคูนิในช่วงสุดสัปดาห์และนายกรัฐมนตรีชินโซะ อาเบะต้องทำพิธีถวายเครื่องสักการะที่ศาล
สำนักข่าวยอนฮัพอ้างคำพูดเจ้าหน้าที่ระดับสูงของกระทรวงต่างประเทศว่า ว่าการเดินทางเยือนศาลเจ้าดังกล่าวเป็นการ “ขาดความรับผิดชอบ" ซึ่งบางประเทศมองว่าเป็นสัญลักษณ์ของยุคหลังลัทธิทหาร ทำให้บรรยากาศในการไปเยือนของนายยุนเสียไป เขากล่าวว่า “ท่ามกลางบรรยากาศแบบนี้ คงยากที่จะทำให้การเจรจาคืบหน้าได้"
กระทรวงยังได้ออกแถลงการแสดง “ความกังวลและเสียใจอย่างสุดซึ้ง" เรื่องการไปเยือนศาลเจ้าของสามรัฐมนตรีคือนายทาโร อาโซะ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงการคลัง, นายเคย์จิ ฟูรูยะ รัฐมนตรีที่รับผิดชอบเรื่องเกาหลีเหนือลักพาตัวชาวญี่ปุ่น และนายโยชิตากะ ชินโดะ รัฐมนตรีกระทรวงกิจการภายในและการสื่อสาร สำนักข่าวเกียวโดรายงาน