ทั้งนี้ พล.อ.สนธิ บุญยรัตนกลิน ประธานที่ปรึกษากรรมาธิการการทหาร สภาผู้แทนราษฎร ระบุว่า เห็นด้วยกับการหารือดังกล่าว แต่เชื่อว่าระหว่างหารือนั้นสถานการณ์ในพื้นที่ภาคใต้จะมีความรุนแรงขึ้นเพื่อให้รัฐบาลไทยมีอำนาจต่อรองน้อยลง ดังนั้นหน่วยงานด้านความมั่นคงจึงต้องมีปฏิบัติการด้านยุทธวิธีให้เข้มขึ้น อีกทั้งการปล่อยข่าวอาจทำให้การเจรจาเปลี่ยนไป และรัฐบาลควรมีประวัติกลุ่มบีอาร์เอ็นที่เข้าร่วมเจรจาทั้งหมดแล้ว
ด้านพล.ต.ธนเกียรติ ชอบชื่นชม รองผู้บัญชาการศูนย์รักษาความปลอดภัย ชี้แจงว่า ได้ดำเนินการด้านการข่าวในพื้นที่ตลอดเวลาทั้งก่อนและหลังพูดคุยว่าประชาชนเห็นอย่างไรกับการเจรจา พร้อมดำเนินการสืบสภาพตัวบุคคลที่ร่วมหารือแล้ว แต่ไม่ขอให้รายละเอียด
พล.ท.ภราดร พัฒนถาบุตร เลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติ(สมช.) ยอมรับว่า การก่อเหตุรุนแรงช่วงนี้เป็นเพราะมีความต้องการยกระดับต่อรองในการเจรจา แต่หน่วยงานด้านความมั่นคงจะดำเนินการตามยุทธวิธีอย่างเข้มข้นควบคู่กับการหารือที่ต้องเดินหน้าต่อไป ซึ่งการพูดคุยได้เริ่มมีมาตั้งแต่ปี 2534 และที่ผ่านมารัฐบาลเห็นชอบนโยบายแก้ปัญหาภาคใต้ตั้งแต่ปี 2555-2557 ที่ให้ประชาชนมีส่วนร่วมในการแก้ปัญหา โดยรัฐบาลได้เน้นกระบวนการเดินหน้าอย่างสันติวิธิ
ขณะเดียวกันเชื่อว่าการเมืองของมาเลเซียไม่เป็นอุปสรรคต่อการเจรจา เพราะทั้งฝ่ายรัฐบาลและฝ่ายค้านของมาเลเซียต่างเห็นพ้องต้องกันที่จะแก้ปัญหาภาคใต้ของไทยด้วยสันติวิธี และจะเข้มงวดผู้กระทำผิดที่หลบหนีเข้ามาในมาเลเซียด้วย
อนึ่ง การหารือระหว่างหน่วยงานด้านความมั่นคงของไทยกับขบวนการบีอาร์เอ็นในรอบที่ 3 จะมีขึ้นในวันที่ 13 มิ.ย.นี้