ทั้งนี้ นายถวิลได้ยื่นฟ้องต่อศาลปกครองกลางเมื่อวันที่ 30 เม.ย.55 เนื่องจากไม่เห็นด้วยกับมติ ครม.เมื่อวันที่ 6 ก.ย.54 ที่ให้ตนเองออกจากตำแหน่งเลขาธิการ สมช.จึงได้นำเรื่องไปร้องทุกข์ต่อ ก.พ.ค. ซึ่งต่อมา ก.พ.ค.มีหนังสือแจ้งยกคำร้องทุกข์ของตนเอง โดยนายถวิลเห็นว่ามีความไม่ชอบมาพากล เพราะนายศราวุธ เมนะเศวต ประธาน ก.พ.ค.ลงคะแนนเสียงถึง 2 ครั้ง
ด้านนายถวิล เปลี่ยนศรี กล่าวแสดงความขอบคุณศาลปกครองกลางที่ให้ความยุติธรรม และอยากเห็นข้าราชการที่ไม่ได้รับความเป็นธรรมลุกขึ้นมาต่อสู้เพื่อความถูกต้อง ทั้งนี้ยืนยันว่ายังสามารถทำงานร่วมกับน.ส.ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร นายกรัฐมนตรีได้ เพราะตนเองเป็นข้าราชการมืออาชีพ พร้อมย้ำจุดยืนว่าทำงานให้กับนายกรัฐมนตรีและคณะรัฐมนตรี ไม่ได้ทำงานให้กับหัวหน้าพรรคการเมือง ดังนั้น จึงเชื่อว่าไม่น่าจะมีปัญหาไม่ว่าโดยส่วนตัวจะมีอุดมการณ์ทางการเมืองอย่างไรก็ตาม