ทั้งนี้ คณะทำงานฯ ได้เสนอความเห็นว่า นายกรัฐมนตรีควรที่จะยื่นอุธรณ์คำสั่งศาลปกครองกลาง เนื่องจากเห็นว่ากรณีนี้ยังมีประเด็นข้อกฎหมายที่ต้องการความชัดเจนโดยการชี้ขาดจากศาลปกครองสูงสุด เพื่อให้เกิดความชัดเจนในการบริหารงานภาครัฐ ซึ่งคำสั่งศาลดังกล่าวอาจเป็นการก้าวล่วงการใช้ดุลพินิจของฝ่ายบริหารในฐานะหัวหนัส่วนราชการ ดังนั้นจึงเสนอให้มีการยื่นอุธรณ์คำสั่งศาล เพีอให้เป็นบรรทัดฐานและเป็นประโยชน์ต่อการบริหารราชการแผ่นดินต่อไปในอนาคต
"การอุธรณ์คำสั่งศาล ไม่ใช่การกลั่นแกล้งทางการเมือง แต่เป็นการใช้เอกสิทธิ์ทางศาลของนายกรัฐมนตรี เพื่อให้เกิดคามชัดเจนในการบริหารงานภาครัฐต่อไป" นายธงทอง กล่าว
นายธงทอง กล่าวว่า หลังจากนี้จะส่งเรื่องไปยังสำนักงานอัยการสูงสุด เพื่อดำเนินการยื่นอุทรณ์ต่อศาลปกครองสูงสุดต่อไป ภายในวันที่ 30 มิถุนายนนี้