อย่างไรก็ตาม หลังการยึดอำนาจ 19 กันยายน 2549 กลับถูกกล่าวหาจากผู้มีอำนาจในขณะนั้นว่า ยกเลิกการจัดซื้อโครงการดังกล่าวโดยมิชอบ มีการยื่นเรื่องให้ ป.ป.ช.ตรวจสอบ ระหว่างนั้นมีบริษัทเอกชนไปยื่นฟ้องตนต่อศาลปกครองว่า ยกเลิกโครงการโดยมิชอบ ในที่สุดศาลปกครองกลางมีคำพิพากษาเมื่อปี 2553 ว่า การยกเลิกการประกวดราคาเป็นไปเพื่อผลประโยชน์ของทางราชการ แต่ ป.ป.ช.กลับยังพิจารณาคดีต่อไป ระหว่างสู้คดีกับ ป.ป.ช. มีกลุ่มบุคคล 3 คนเป็นพยานเท็จไปให้การกับ ป.ป.ช. หนึ่งในนั้นเป็นอดีตข้าราชการระดับสูง ทำให้กลุ่มข้าราชการที่ตกเป็นผู้เสียหายในคดีนี้ร่วมกับตนไปยื่นเรื่องฟ้องศาลอาญา เพื่อดำเนินคดีกับพยานเท็จกลุ่มนี้ ล่าสุดเมื่อวันที่ 1 พฤษภาคม 2556 ศาลมีคำตัดสินให้จำคุกอดีตข้าราชการระดับสูงคนนี้ข้อหาให้การเท็จเป็นเวลา 2 เดือน โดยไม่รอลงอาญา มั่นใจว่า ตลอดเวลา 7 ปีที่ต่อสู้คดีมา ไม่ได้ทำผิด
ส่วนข้อกล่าวหาที่ ป.ป.ช.ระบุว่า ตนเป็นผู้ออกคำสั่งให้ข้าราชการยกเลิกการประมูลโครงการโดยมิชอบนั้น คุณหญิงสุดารัตน์ กล่าวว่า ไม่เป็นความจริง ยืนยันว่า ไม่ได้สั่งการใดๆ ขณะนั้นเรื่องยังมาไม่ถึงตนด้วยซ้ำ และช่วงที่มีการยกเลิกโครงการ ตนถูกย้ายไปอยู่กระทรวงเกษตรและสหกรณ์แล้ว อีกทั้งคณะกรรมการที่เกี่ยวข้องทุกคนก็ยืนยันตรงกันว่า ตนไม่ได้เป็นคนสั่งการ ทั้งนี้ มีข้อมูลว่าระหว่างที่มีการตั้งคณะกรรมการสอบวินัยร้ายแรงข้าราชการที่เกี่ยวข้องกับการจัดซื้อคอมพิวเตอร์กระทรวงสาธารณสุขนั้น มีรัฐมนตรีขณะนั้นคนหนึ่งพยายามบีบบังคับเรียกข้าราชการเหล่านี้ไปเจรจาเกลี้ยกล่อมให้ปรักปรำนักการเมืองว่า เป็นผู้สั่งการยกเลิกโครงการ แต่ข้าราชการกลุ่มนี้ไม่ทำตาม และยังอัดเทปบันทึกเสียงรัฐมนตรีผู้นี้ไว้ด้วย ซึ่งตนได้ส่งหลักฐานชิ้นนี้ให้ ป.ป.ช.ไปประกอบการพิจารณาแล้ว