โดยในหลักการของร่าง พ.ร.บ.ฉบับนี้ กำหนดห้วงเวลานิรโทษกรรมไม่ครอบคลุมการชุมนุมของกลุ่มพันธมิตรฯ ช่วงก่อนที่จะมีการรัฐประหารวันที่ 19 ก.ย.49 รวมถึงเนื้อหาของมาตรา 3 ที่เป็นการกำหนดกรอบกลุ่มบุคคลที่จะได้รับการนิรโทษกรรมนั้นยังมีความคลุมเครือ โดยเฉพาะในวรรคท้ายที่ระบุว่าจะไม่รวมการกระทำของบรรดาผู้มีอำนาจในการตัดสินใจหรือสั่งการให้มีการเคลื่อนไหวทางการเมือง ซึ่งการชุมนุมของกลุ่ม นปช.ก็ไม่มีหลักฐานระบุชัดเจนว่าใครเป็นแกนนำบ้าง ขณะเดียวเห็นว่ากฎหมายฉบับนี้มีประโยชน์ทับซ้อน โดยเฉพาะนายวรชัย เหมะ ส.ส.สมุทรปราการ พรรคเพื่อไทย ผู้เสนอร่าง เป็นแกนนำ นปช.จะได้รับประโยชน์ด้วย
อย่างไรก็ตามนายบุญจงได้เรียกร้องให้นายกรัฐมนตรีถอนร่าง พ.ร.บ.นิรโทษกรรม ออกจากการพิจารณาของสภาฯ และให้ใช้กฎหมายปกติในการตัดสินคดี เพราะเมื่อมีการกระทำความผิดต้องเข้าสู่กระบวนการยุติธรรม เพื่อไม่ให้เกิดความขัดแย้ง รวมถึงเสนอแนวทางให้รัฐบาลใช้การทำประชามติสอบถามความเห็นประชาชนว่าเห็นด้วยกับกฎหมายดังกล่าวหรือไม่
ขณะที่นายชำนิ ศักดิเศรษฐ์ ส.ส.พรรคประชาธิปัตย์ อภิปรายว่า แม้ที่ผ่านมาจะมีกฎหมายนิรโทษกรรมหลายฉบับ แต่เนื้อหามีความแตกต่างกัน จะนำมาใช้เทียบเคียงกันไม่ได้ ทั้งนี้พรรคประชายินดีเข้าร่วมสภาปฏิรูปการเมืองและให้มีการนิรโทษกรรม แต่ได้ย้ำจุดยืนของพรรคในการคัดค้านความผิดบางประการที่ไม่ควรได้รับการนิรโทษกรรม และเห็นว่าควรกำหนดการกระทำให้ชัดเจนว่าความผิดใดนิรโทษได้หรือไม่ได้
ขณะที่นายณัฐวุฒิ ใสเกื้อ ส.ส.บัญชีรายชื่อ พรรคเพื่อไทย อภิปรายว่า หลักการของร่าง พ.ร.บ.ดังกล่าวจะทำให้บรรยากาศความขัดแย้งทางการเมืองคลี่คลายลง ซึ่งคนที่จะได้รับการนิรโทษกรรมคือผู้ที่ทำผิดทางการเมืองและเนื้อหาในมาตรา 3 มีความชัดเจนว่าทุกกลุ่มทุกสีได้ประโยชน์ ส่วนข้อกังวลว่าตนเองในฐานะแกนนำ นปช.จะได้รับนิรโทษกรรมนั้น ตนเองยินดีที่จะไม่รับการนิรโทษกรรมและพร้อมเข้าสู่กระบวนการยุติธรรม
ขณะเดียวกันย้ำว่าร่าง พ.ร.บ.ฉบับนี้ไม่มีส่วนเกี่ยวข้องกับผู้ถูกดำเนินคดีประมวลกฎหมายอาญา มาตรา112 ซึ่งขณะนี้มีผู้ถูกดำเนินคดี 5 คน รวมถึงไม่สามารถระบุได้ว่ามีผู้จะได้รับประโยชน์จากกฎหมายนิรโทษกรรมจำนวนกี่คน แต่ตนเองมีข้อมูล ณ วันที่ 30 มิ.ย.56 จำนวน 1,833 คน เป็นคดีเป็นฝ่าฝืน พ.ร.ก.ฉุกเฉิน 1,093 คน ซึ่งตนเองเห็นว่าควรนิรโทษกรรมให้กับผู้ที่ถูกดำเนินคดีดังกล่าว และเห็นด้วยกับฝ่ายค้านที่ให้ขยายกรอบเวลาการนิรโทษกรรมให้กับผู้ชุมนุมที่เคลื่อนไหวก่อนวันที่ 19 ก.ย.49 ด้วย