จากนั้นเป็นการอภิปรายของสมาชิกที่สงวนคำแปรญัตติตั้งแต่มาตรา 3 ภาพรวมการจัดทำงบประมาณ ซึ่งประเด็นหลักที่ฝ่ายค้านสงวนคำแปรญัตติไว้ เน้นไปที่การจัดทำงบประมาณที่ขาดวินัยการคลัง กระจุกตัว และมีปัญหาเรื่องความโปร่งใสที่ส่อเค้าทุจริต โดยนายจุรินทร์ ลักษณวิศิษฎ์ ประธานวิปฝ่ายค้าน กล่าวว่า จะอภิปรายเน้นให้ประชาชนเห็นว่ามีการก่อหนี้สูง งบลงทุนน้อย รายจ่ายสูง แต่การจัดเก็บงบประมาณไม่ได้ตามเป้า มีการจัดงบแบบกระจุกไม่กระจาย และความไม่ชอบมาพากลของการจัดสรรงบในบางโครงการ
ด้านนายวัชระ เพชรทอง ส.ส.บัญชีรายชื่อ พรรคประชาธิปัตย์ ในฐานะคณะกรรมาธิการวิสามัญพิจารณาร่าง พ.ร.บ.ฯ ขอสงวนความเห็น โดยขอตัดงบประมาณลดลง 0.1% เนื่องจากเป็นการหลายนโยบายเปิดช่องให้มีการทุจริตและไม่ครอบคลุมประชาชนทั้งหมด ทั้งโครงการรับจำนำข้าวที่มีการปิดกั้น กมธ.ไม่ให้ตรวจโรงสี กระทรวงพาณิชย์ล้มเหลวในการแก้ไขปัญหาราคายางพารา และปาล์มน้ำมันตกต่ำ นโยบายค่าแรง 300 บาทไม่ครอบคลุมประชาชนทุกพื้นที่ แม้แต่ลูกจ้างที่ทำงานในสำนักงานเลขาธิการสภาฯ ยังได้รับค่าแรงเพียง 200 กว่าบาทต่อวันเท่านั้น
พร้อมย้ำในส่วนงบประมาณของสำนักงานเลขาธิการสภาผู้แทนราษฎรที่พบโครงการส่อเค้าทุจริตในการจัดซื้อจัดจ้างหลายโครงการ เช่น การจัดซื้อนาฬิกาแบบดิจิตตอลเรือนละ 7.5 หมื่นบาท จำนวน 200 เรือน, การใช้งบประมาณ 5 ล้านบาทปรับปรุงห้องสื่อมวลชนสภาที่ถือว่าแพงที่สุดในโลก, โครงการพาชมทุ่งดอกกระเจียว จ.ชัยภูมิ งบประมาณ 3.3 ล้านบาท ทั้งยังพบว่าในร่างพ.ร.บ.งบประมาณปี 2557 ยังมีการตั้งงบถึง 80 ล้านบาท เพื่อจัดซื้อไมโครโฟนสำหรับติดตั้งในห้องประชุมสภาฯ ทั้งที่สภาพยังสามารถใช้การได้ดี
นอกจากนี้พบว่ามีการจัดงบประมาณ 30 ล้านบาท เพื่อติดตั้งกล้องโทรทัศน์วงจรปิดในพื้นที่รัฐสภา รวมถึงในห้องเลขาธิการสภาฯ จำนวน 40 ล้านบาท นอกจากนั้นทางสำนักเลขาธิการสภาฯ ยังใช้งบประมาณ 2.3 ล้านบาทต่อปีเพื่อจ้างบริษัทเอกชนดำเนินการเก็บขยะในสภา จากเดิมที่จ้างหน่วยงานของกทม.ในการเก็บขยะซึ่งเสียค่าใช้จ่ายเพียง 1 หมื่นบาทต่อปีเท่านั้น
น.ส.ผ่องศรี ธาราภูมิ ในฐานะกรรมาธิการเสียงข้างน้อย เสนอให้มีการแปรญัติปรับลดงบประมาณลง 5% โดยระบุว่า หลายโครงการที่มีการเสนอของบประมาณนั้น เป็นโครงการที่ไม่มีวินัยทางการคลังและไม่มีวิสัยทัศน์ ซึ่งถือเป็นการใช้งบประมาณที่เกินกำลัง ไม่มีการคำนึงถึงสถานการณ์บ้านเมือง รวมถึงภาวะเศรษฐกิจของประเทศ
ด้านนายวิทยา บุรณศิริ รองประธานคณะกรรมาธิการวิสามัญเพื่อพิจารณาร่าง พ.ร.บ.งบประมาณรายจ่ายประจำปีงบประมาณ 2557 ชี้แจงการอภิปรายของนายวัชระ โดยระบุถึงงบที่ถูกตั้งข้อสังเกต เป็นงบประมาณที่รัฐสภาได้รับการจัดสรรในปีงบประมาณ 2555 ไม่เกี่ยวข้องกับงบประมาณปี 2557 ซึ่งหากฝ่ายค้านพบความผิดปกติ ก็สามารถใช้ช่องทางตรวจสอบ เช่น การยื่นเรื่องต่อกรมสอบสวนคดีพิเศษ หรือ ดีเอสไอ
นายชัย ชิดชอบ ส.ส.บัญชีรายชื่อ พรรคภูมิใจไทย อภิปรายว่าขอสงวนความเห็นให้ปรับลดงบประมาณลง 5% หรือจำนวนหนึ่งหมื่นกว่าล้านบาท โดยกล่าวว่าติดใจกรณีที่รัฐบาลตั้งงบประมาณส่งเสริมราคาสินค้าเกษตรกว่า 85,000 ล้านบาทว่าจะนำไปใช้สินค้าเกษตรชนิดใด เนื่องจากโครงการรับจำนำข้าวและสินค้าเกษตรชนิดอื่นของรัฐบาลนั้นใช้งบประมาณหลักแสนล้านบาท รวมถึงในร่าง พ.ร.บ.งบประมาณฉบับนี้มีการตั้งงบประมาณในการแก้ไขปัญหาความรุนแรงในพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ถึง 26,000 ล้านบาท แต่ในช่วงที่ผ่านมายังไม่สามารถทำให้เหตุลดลงได้
สอดคล้องกับการอภิปรายของ น.ส.รัชดา ธนาดิเรก ส.ส.กรุงเทพมหานคร พรรคประชาธิปัตย์ ที่กล่าวว่า แผนปฏิบัติในการพัฒนาพื้นที่จังหวัดชายแดนภาคใต้ในช่วงปี 2555-2557 ไม่มีความชัดเจน โดยเฉพาะแผนการพัฒนาพื้นที่การเกษตรยางพาราที่มีการระบุในแผนว่าจะปลูกให้ได้ 3 แสนไร่ แต่ไม่มีการติดตามให้เป็นไปตามที่กำหนด
ด้านนายเกียรติ์ สิทธีอมร ส.ส.บัญชีรายชื่อ พรรคประชาธิปัตย์ อภิปรายถึงปัญหาการจัดสรรงบประมาณแก้ไขปัญหาเศรษฐกิจในภาพรวม โดยเฉพาะการจัดเก็บภาษีมูลค่าเพิ่มในไตรมาส 2 ที่ไม่เป็นไปตามเป้า และแสดงความกังวลต่อปัญหาหนี้สาธารณะที่สูงขึ้นจากนโยบายประชานิยมของรัฐบาล
พร้อมกันนี้ยังอภิปรายถึงการจัดสรรงบประมาณในการแก้ปัญหาการคอรัปชั่น จำนวน 505.46 ล้านบาท ซึ่งตนเองรู้สึกแปลกในการตั้งงบประมาณให้เฉพาะ 5 หน่วยงานคือ สำนักนายกรัฐมนตรี กระทรวงพัฒนาสังคมและความมั่นคงของมนุษย์ กระทรวงยุติธรรม กระทรวงศึกษาธิการ และสำนักงานตำรวจแห่งชาติ ซึ่งเรียกร้องให้มีการตั้งงบประมาณในการแก้ปัญหาคอรัปชั่นในหน่วยงานอื่นด้วย