สำหรับเนื้อหาของมาตรา 3 ที่นำเสนอโดยนายประยุทธ์นั้น มีเนื้อหาดังนี้ "ให้บรรดาการกระทำทั้งหลายทั้งสิ้นของบุคคลหรือประชาชนที่เกี่ยวเนื่องกับการชุมนุมทางการเมือง การแสดงออกทางการเมือง หรือความขัดแย้งทางการเมือง หรือที่ถูกกล่าวหาว่าเป็นผู้กระทำผิดโดยคณะบุคคลหรือองค์กรที่จัดตั้งขึ้นภายหลังการรัฐประหารเมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ.2549 ถึงวันที่ 8 สิงหาคม พ.ศ.2556 ไม่ว่าผู้กระทำจะได้กระทำในฐานะตัวการ ผู้สนับสนุน ผู้ใช้ให้กระทำ หรือผู้ถูกใช้ หากการกระทำนั้นผิดต่อกฎหมาย ก็ให้ผู้กระทำพ้นจากความผิด และความรับผิดโดยสิ้นเชิงการกระทำในวรรคหนึ่ง ไม่รวมถึงการกระทำผิดตามประมวลกฎหมายอาญามาตรา 112"
ผู้สื่อข่าวรายงานว่า ก่อนการลงมติดังกล่าวได้มีการถกเถียงและโต้แย้ง โดยส.ส.พรรคประชาธิปัตย์ และนายแก้วสรร อติโพธิ กรรมาธิการฯ ได้พยายามสอบถามถึงผลแห่งรายละเอียดของเนื้อหาที่จะแก้ไข อาทิ คดีที่ตัดสินไปแล้วเช่นคดีของพ.ต.ท.ทักษิณ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี ในคดีซุกหุ้นจะถือว่าได้รับการล้างความผิดหรือไม่, จะเป็นผลให้การยึดทรัพย์จำนวน 4.6 หมื่นล้านบาท และหากแก้ไขเนื้อหาให้เป็นไปตามถ้อยคำดังกล่าวจะถือว่าร่าง พ.ร.บ.นิรโทษกรรมฯเข้าข่ายเป็นกฎหมายการเงินที่ต้องให้ น.ส.ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร นายกรัฐมนตรีและรมว.กลาโหม ลงนามก่อนหรือไม่ แต่ไม่ได้รับคำตอบใดๆ จากนายประยุทธ์
อย่างไรก็ตาม นายสุนัย จุลพงศธร ส.ส.พรรคเพื่อไทย ในฐานะกรรมาธิการฯ เสนอญัตติให้ปิดอภิปรายและลงมติ แม้ว่านายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ ผู้นำฝ่ายค้านจะเสนอขอให้ปิดอภิปรายในส่วนของมาตรา 3 โดยไม่มีการลงมติ เนื่องจากขณะนี้มีกรรมาธิการฯ หลายคนที่เสนอคำแปรญัตติยังไม่ได้อภิปรายในเหตุผล แต่นายสามารถ ระบุว่ากรรมาธิการโต้แย้งว่าขณะนี้ครบองค์ประชุมแล้ว ดังนั้นควรเดินหน้า เพราะหากรอกรรมาธิการฯที่ยังไม่มาประชุมคงไม่สามารถเดินหน้าได้