ทั้งนี้ ตามที่กรรมาธิการเสียงข้างมากในที่ประชุมคณะกรรมาธิการวิสามัญพิจารณาร่าง พ.ร.บ.นิรโทษกรรมแก่ผู้ซึ่งกระทำความผิดเนื่องจากการชุมนุมทางการเมือง การแสดงออกทางการเมืองของประชาชน พ.ศ. ….มีมติเห็นชอบให้แก้ไขเพิ่มเติมความในร่างมาตรา 3 ความบาง ส่วนว่า “..หรือที่ถูกกล่าวหาว่าเป็นผู้กระทำผิดโดยคณะบุคคลหรือองค์กรที่จัดตั้งภายหลังการรัฐประหารเมื่อวันที่ 19 กันยายน พ.ศ. 2549 ถึงวันที่ 8 สิงหาคม พ.ศ. 2556 ไม่ว่าผู้กระทำจะได้กระทำในฐานะตัวการ ผู้สนับสนุน ผู้ใช้ให้กระทำ หรือผู้ถูกใช้ หากการกระทำนั้นผิดต่อกฎหมาย ก็ให้ผู้กระทำพ้นจากความผิดความรับผิดชอบโดยสิ้นเชิง.." ซึ่งมองได้ว่ามีเจตนาและความมุ่งหมายที่จะลบล้างคำพิพากษาของศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองในคดีทุจริตต่าง ๆ และให้คดีที่ยังค้างคาเป็นอันต้องยุติไป ให้ผู้กระทำความผิดในคดีทุจริต ทั้งในฐานะตัวการ ผู้สนับสนุน ผู้ใช้ให้กระทำ หรือผู้ถูกใช้ พ้นจากความรับผิดและความรับผิดชอบโดยสิ้นเชิงนั้น
องค์กรต่อต้านคอร์รัปชัน (ประเทศไทย) และสมาชิกองค์กรภาคธุรกิจ การเงินและการลงทุน อาทิ สภาหอการค้าแห่งประเทศไทย สภาอุตสาหกรรมแห่งประเทศไทย สมาคมธนาคารไทย สำนักงานคณะกรรมการกำกับหลักทรัพย์และตลาดหลักทรัพย์ สมาคมส่งเสริมสถาบันกรรมการบริษัทไทย และสภาธุรกิจตลาดทุนไทย ซึ่งประกอบด้วยสมาคมบริษัทจดทะเบียนไทย สมาคมบริษัทหลักทรัพย์ไทย สมาคมนักวิเคราะห์หลักทรัพย์ สมาคมบริษัทจัดการลงทุน สมาคมตลาดตราสารหนี้ไทย สมาคมส่งเสริมผู้ลงทุนไทย และตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย เห็นว่ามติดังกล่าวจะส่งผลเสียอย่างร้ายแรงต่อกระบวนการต่อสู้คอร์รัปชันที่ทุกภาคส่วนของสังคม ไม่ว่าจะเป็นภาคประชาชน เอกชน รวมถึงภาครัฐที่รัฐบาลชุดปัจจุบันเป็นแกนหลัก ได้พยายามขับเคลื่อนร่วมกันมาอย่างต่อเนื่อง ด้วยเหตุผลดังต่อไปนี้
1. เป็นที่ทราบว่าสถานการณ์คอร์รัปชันในประเทศไทยมีความรุนแรงมากขึ้น ในทุกระดับ ทั้งระดับท้องถิ่นและระดับชาติ ตัวเลขจากการศึกษาพบว่าประเทศไทยสูญเสียงบประมาณแผ่นดินไปกับการทุจริตมากกว่า 3 แสนล้านบาทต่อปี ซึ่งเป็นเงินจำนวนมหาศาลที่สามารถนำไปพัฒนาคุณภาพชีวิตของประชาชน สร้างความแข็งแกร่งและศักยภาพการแข่งขันของประเทศได้อย่างมาก
2. ถ้อยคำแก้ไขเพิ่มเติมความในร่างมาตรา 3 เป็นการส่งเสริมการกระทำทุจริต ส่งผลให้ผู้มีส่วนสมรู้ร่วมคิดทั้งตัวการ ผู้สนับสนุน และผู้ถูกใช้ให้กระทำ ไม่มีความเกรงกลัวต่อกฎหมาย ซึ่งจะทำให้คอร์รัปชันยิ่งทวีความรุนแรงมากขึ้นจนมิอาจประมาณความสูญเสียได้
3. การล้างผิดในคดีทุจริตเป็นการทำลายระบบคุณธรรมและจริยธรรมของสังคมอย่างร้ายแรง สังคม ไทยและโดยเฉพาะคนรุ่นใหม่ที่จะเป็นพลังขับเคลื่อนชาติ จะมีค่านิยมใหม่ว่าโกงแล้วไม่มีความผิด โกงแล้วล้วนได้แต่ผลดี ซึ่งจะส่งผลให้เกิดความล้มเหลวทางสังคมอย่างใหญ่หลวงเกินกว่าจะแก้ไขได้
4. มติแก้ไขเพิ่มเติมในร่างกฎหมายดังกล่าว ส่งผลเสียโดยตรงและอย่างรุนแรงต่อผู้ถูกกล่าวหา เนื่องจากถูกตัดโอกาสที่จะพิสูจน์ความบริสุทธิ์ตามกระบวนการยุติธรรมให้ถึงที่สุด หมดโอกาสที่จะได้ใช้ความจริงพิสูจน์ข้อกล่าวหาและลบล้างความระแวงแคลงใจของคนในสังคม ที่สำคัญกระบวนการยุติธรรมของประเทศก็จะหมดความศักดิ์สิทธิ์ เพราะไม่สามารถทำให้สังคมเชื่อในคำตัดสิน และไม่สามารถนำตัวคนผิดมาลงโทษตามครรลองของกฎหมาย เพื่อชดใช้และรับผิดต่ออาชญากรรมร้ายแรงที่กระทำต่อแผ่นดินและคนไทยทั้งประเทศได้
5. รัฐบาลได้เคยแสดงความมุ่งมั่นที่จะต่อต้านคอร์รัปชัน โดยนำส่วนราชการต่าง ๆ ร่วมกันประกาศเจตนารมณ์ เมื่อวันที่ 2 กรกฎาคม 2556 ให้คำมั่นว่าการต่อต้านทุจริตคอร์รัปชันถือเป็นภารกิจหน้าที่ และนโยบายที่สำคัญของรัฐบาลและข้าราชการทุกคน ทั้งฝ่ายการเมืองและข้าราชการประจำ พร้อมกับได้วางยุทธศาสตร์ มาตรการต่างๆ รวมถึงสร้างความร่วมมือกับภาคเอกชน เพื่อต่อต้านคอร์รัปชันอย่างเป็นรูปธรรม ทว่า การแก้ไขเพิ่มเติมความในร่างมาตรา 3 ขัดแย้งอย่างชัดแจ้งต่อคำประกาศเจตนารมณ์ของรัฐบาล ซึ่งส่งจะผลกระทบต่อความเชื่อมั่นและความพยายามต่างๆ ของรัฐบาลอย่างมิอาจหลีกเลี่ยงได้ และไม่ควรเกิดขึ้น
6. รัฐบาลไทยได้ให้สัตยาบันเข้าเป็นภาคีอนุสัญญาขององค์การสหประชาชาติเพื่อการต่อต้านการทุจริต (United Nations Convention against Corruption : UNCAC 2003) เมื่อวันที่ 1 มีนาคม 2554 แต่ทว่า ร่าง พ.ร.บ.นิรโทษกรรมฉบับนี้ มีเนื้อหาที่สุ่มเสี่ยงว่าจะขัดแย้งและเป็นอุปสรรคต่อการดำเนินการตามอนุสัญญาฯ กรณีนี้อาจทำให้ประเทศไทยเป็นประเทศแรกและประเทศเดียวในโลกที่ออกกฎหมายนิรโทษกรรมให้กับคดีอันเป็นความผิดฐานคอร์รัปชันภายหลังลงนามให้สัตยาบัน ซึ่งจะทำให้ประเทศไทยมีภาพลักษณ์ที่เสื่อมเสียในสายตาของประชาคมโลก