คณะผู้บริหารจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เห็นว่า การจัดทำร่างกฎหมายนิรโทษกรรมนี้ไม่เป็นไปตามที่คณะกรรมการอิสระตรวจสอบและค้นหาความจริงเพื่อการปรองดองแห่งชาติ (คอป.) ได้ให้แนวทางเรื่องการออกกฎหมายนิรโทษกรรมไว้ว่า"...ไม่สามารถดำเนินการโดยปราศจากขอบเขต แต่ต้องเป็นไปตามหลักนิติธรรมและมาตรฐานที่เป็นสากล ... จะต้องมิใช่การนิรโทษกรรมตนเอง (Self-Amnesty) ที่ผู้มีส่วนในการกระทำความผิดบัญญัติกฎหมายให้มีผลเป็นการยกเว้นความรับผิดของตนเอง หรือการนิรโทษกรรมแบบครอบคลุมเป็นการทั่วไป (Blanket Amnesty) หรือครอบคลุมผู้ที่มีส่วนเกี่ยวข้องทุกฝ่าย โดยปราศจากเงื่อนไข แต่จะต้องมีการกำหนดความผิดที่จะนิรโทษกรรมและเงื่อนไขในการนิรโทษกรรมอย่างชัดเจนและเฉพาะเจาะจง โดยพิจารณาแยกแยะลักษณะการกระทำของบุคคลต่างๆ ที่เกี่ยวข้อง โดยกระบวนการที่ชอบด้วยกฎหมาย ซึ่งต้องสอดคล้องกับมาตรฐานระหว่างประเทศและตั้งอยู่บนหลักประชาธิปไตยโดยการมีส่วนร่วมของทุกฝ่าย"
อย่างไรก็ตาม เมื่อสภาผู้แทนราษฎรได้พิจารณาร่างกฎหมายนิรโทษกรรมเสร็จเรียบร้อยแล้วและไม่สามารถย้อนกลับไปสู่จุดเริ่มต้นได้ในปัจจุบัน คณะผู้บริหารจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยจึงขอเรียกร้องให้วุฒิสภาซึ่งต้องเป็นผู้พิจารณาร่างกฎหมายนิรโทษกรรมได้ใช้อำนาจตามรัฐธรรมนูญยับยั้งร่างกฎหมายนิรโทษกรรมไว้ก่อนและส่งร่างกฎหมายนิรโทษกรรมคืนไปยังสภาผู้แทนราษฎรเพื่อพิจารณาทบทวนใหม่ ทั้งนี้ คณะผู้บริหารจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยจะติดตามสถานการณ์ต่อไปอย่างใกล้ชิด