เนื่องจากการดำเนินการโครงการดังกล่าวจากหลักฐานนับหมื่นแผ่น และพยานกว่า 100 ราย รับฟังได้ว่า การเข้าทำสัญญาซื้อขายข้าวไม่มีข้อเท็จจริงใดๆ สนับสนุนว่า หน่วยงานรัฐวิสาหกิจทั้ง 2 แห่งเข้ามาทำสัญญาซื้อขายแบบรัฐต่อรัฐ โดยได้รับมอบอำนาจจากสาธารณรัฐประชาชนจีน และไม่มีการส่งออกข้าวออกนอกราชอาราจักรจริง
แต่ข้อเท็จจริงปรากฎว่า ข้าวที่นำไปซื้อขาย นำไปขายให้กับผู้ประกอบการค้าข้าวในประเทศ อีกทั้งพบหลักฐานผู้ประกอบการค้าข้าวนำไปบันทึกบัญชีเป็นต้นทุน รวมทั้งการชำระภาษี ทั้งนี้ กรมสรรพากร ชี้แจงว่า เอกสารหลักฐานดังกล่าวไม่สามารถนำไปบันทึกบัญชีและนำไปคำนวณภาษีได้ และได้ส่งเรื่องให้กรมสรรพากรเรียกเก็บภาษีจากกรมการค้าต่างประเทศที่เป็นผู้รับเช็ค ซึ่งสร้างความเสียหายให้แก่ประเทศ ทำให้รัฐสูญเสียรายได้เป็นจำนวนมาก
นอกจากนี้ อนุกรรมการฯ พิจารณาเห็นว่า มีเหตุอันควรสงสัยตามมาตรา 66 แห่งพ.ร.บ.ประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยการป้องกันและปราบปรามการทุจริต พ.ศ.2542 และแก้ไขเพิ่มเติมว่าการดำเนินโครงการรับจำนำข้าวของรัฐบาลที่มีน.ส.ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร นายกรัฐมนตรีเป็นประธานคณะกรรมการนโยบายข้าวแห่งชาติได้ทราบถึงการท้วงติงและความเสียหายจากการดำเนินโครงการดังกล่าวแล้ว แต่กลับดำเนินการละเลยไม่ระงับยับยั้ง คณะกรรมการฯจึงมีมติให้ดำเนินการไต่สวนข้อเท็จจริงในเรื่องนี้
นายวิชา กล่าวว่า การพิจารณาของ ป.ป.ช.แต่ละคนเป็นอิสระ ไม่มีการชี้นำ และยืนยันว่า ป.ป.ช.ไม่ได้เร่งรัดคดีเพื่อให้สอดคล้องกับสถานการณ์การเมือง แต่ดำเนินการไปตามวาระและหลักฐานที่มีอยู่ พร้อมกับปฏิเสธว่า ไม่มีการล็อบบี้ให้ น.ส.ยิ่งลักษณ์ พ้นความผิด โดยการดำเนินการทุกอย่างเป็นไปอย่างตรงไปตรงมา
"เราให้ความเป็นธรรมที่สุดแล้ว กรณีของนายกฯ ยังไม่มีการชี้มูลความผิด แต่ให้อนุกรรมการฯ ไปไต่สวนเพื่อให้ท่านมีโอกาสชี้แจงก่อน" นายวิชา กล่าว
สำหรับเรื่องที่เกี่ยวข้องกับโครงการรับจำนำข้าวแล้ว ยังมีเรื่องอื่นๆ อีกที่ ป.ป.ช.อยู่ระหว่างดำเนินการ รวม 7 คดี ได้แก่ คดีที่ ม.ร.ว.ปรีดิยาธร เทวกุล อดีตรองนายกรัฐมนตรีและรมว.คลัง นำไปร้องผู้ตรวจการแผ่นดินเรื่องการขายข้าวไทย-อินโดนีเซีย ซึ่งหากพบว่ามีผู้เกี่ยวข้อง หรือผู้ร่วมกระทำความผิดจะแจ้งข้อกล่าวหาเพิ่มเติมภายหลัง