ในเรื่องนี้คณะกรรมการ ป.ป.ช.ได้ตั้งคณะอนุกรรมการไต่สวนข้อเท็จจริง ซึ่งมีพยานหลักฐานทั้งพยานบุคคลและพยานเอกสาร ยืนยันชัดเจนว่าผู้ที่ถูกกล่าวหาในฐานะนายกรัฐมนตรีและประธานคณะกรรมการนโยบายข้าวแห่งชาติ(กขช.)ได้รับหนังสือทักท้วงจาก ป.ป.ช.ว่าโครงการดังกล่าวรับจำนำข้าวและระบายข้าวก่อให้เกิดปัญหาการทุจิรตในทุกขั้นตอน และทุกกระบวนการ
นอกจากนี้ ผู้ถูกกล่าวหาได้รับทราบเรื่องทุจริตในการดำเนินโครงการจากการอภิปรายในสภาผู้แทนราษฎร รวมถึงได้รับรายงานเรื่องผลการดำเนินโครงการจากประธานคณะอนุกรรมการปิดบัญชีโครงการว่าการดำเนินโครงการก่อให้เกิดความเสียหายถึง 2 แสนล้าน รวมถึงมีชาวนาที่เข้าร่วมโครงการยังไม่ได้รับเงินเป็นจำนวนมาก ทำให้เกิดความเดือดร้อนเสียหายอย่างหนัก
ประกอบกับมีหนังสือจากสำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน (สตง.) ถึงผู้ถูกกล่าวหาให้ทบทวนและยุติโครงการดังกล่าว ซึ่งการดำเนินการในโครงการเกิดปัญหาในการทุจิรตรับจำนำข้าว การระบายข้าว และการชำระหนี้ให้แก่เกษตรกรที่ร่วมโครงการ
แต่แทนที่ผู้ถูกกล่าวหาจะระงับยับยั้งโครงการตามพระราชบัญญัติระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน มาตรา 11 (1) กลับยืนยันที่จะดำเนินการโครงการต่อไป แสดงถึงเจตนาของผู้ถูกกล่าวหาที่จะปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบ เพื่อให้เกิดความเสียหายแก่ทางราชการ หรือโดยทุจริตตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 157 และเป็นการจงใจใช้อำนาจหน้าที่ขัดต่อบทบัญญัติแห่งรัฐธรรมนูญมาตรา 187 อันเป็นเหตุแห่งการถอดถอนออกจากตำแหน่งตามรัฐธรรมนูญมาตรา 270
อย่างไรก็ตาม นายวิชา กล่าวว่าไม่สามารถระบุได้ว่าการพิจารณาคดีนี้จะใช้กรอบเวลานานแค่ไหน พร้อมทั้งปฏิเสธที่จะแสดงความเห็นว่าเรื่องนี้จะเกี่ยวข้องกับที่มีความพยายามตั้งข้อสังเกตว่าเรื่องนี้จะเป็นสำเร็จโทษรัฐบาลจากองค์กรอิสระหรือไม่
ในส่วนของกระบวนการที่จะนำไปสู่การยุติการปฏิบัติหน้าที่ของนายกรัฐมนตรีนั้น นายวิชา กล่าวว่า เป็นเรื่องที่ทาง ส.ว.จะเป็นผู้ชี้ขาด ซึ่งไม่สามารถระบุได้เช่นกันว่าจะสามารถดำเนินการให้แล้วเสร็จ ก่อน ส.ว.ชุดปัจจุบันจะหมดวาระลงได้หรือไม่
อนึ่ง ก่อนการพิจารณาเรื่องนี้ ได้มีการพาดพิงว่ามีคณะกรรมการ ป.ป.ช.บางท่านถูกโจมตีอย่างหนัก โดยเฉพาะ พล.ต.อ.สถาพร หลาวทอง ซึ่งพล.ต.อ.สถาพร ได้ชี้แจงว่า สมัยที่ยังรับราชการตำรวจได้ดำรงตำแหน่งเป็นอนุกรรมการตรวจสอบการทุจริตโครงการรับจำนำข้าว ดังนั้น เพื่อไม่ให้เกิดการกระทบกระเทือนในกระบวนการไต่สวน ทางพล.ต.อ.สถาพรจึงแสดงความจำนงขอถอนตัวจากการพิจารณาคดนี้ ทำให้ กรรมการป.ป.ช.พิจารณาคดีนี้เหลือเพียง 8 คน