โดยศาลพิจารณาแล้วเห็นว่าการโยกย้ายตำแหน่งดังกล่าว เป็นการใช้ดุลยพินิจโดยมิชอบ เนื่องจากการนายกรัฐมนตรีไม่เคยได้ให้เหตุผลในการโยกย้าย แต่ภายหลังจากที่มีการนำคดีขึ้นสู่ศาลปกครองชั้นต้น กลับระบุว่าเพื่อให้การปฏิบัติหน้าที่เป็นไปโดยมีประสิทธิภาพตามนโยบายแห่งรัฐที่ได้แถลงนโยบายไว้ แต่ในทางปฏิบัติแล้ว เมื่อได้โยกย้ายนายถวิลมาเป็นที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี ก็ไม่เคยได้ขอคำปรึกษาใดๆ ทั้งสิ้น
อีกทั้งศาลยังเห็นว่าการทำหน้าที่ของนายถวิล ในตำแหน่งเลขาธิการ สมช.ยังสามารถเสนอความเห็นด้านความมั่นคงต่อนายกรัฐมนตรีได้โดยตรง มากกว่าที่จะให้นั่งอยู่ในตำแหน่งที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี ฝ่ายข้าราชการประจำ ซึ่งการแสดงความเห็นใดๆ จะต้องผ่านเลขาธินายกรัฐมนตรีก่อนที่จะถึงนายกรัฐมนตรี จึงไม่สามารถอ้างได้ว่าการโยกย้ายตำแหน่งดังกล่าวจะทำให้เกิดความรวดเร็วหรือเกิดประสิทธิภาพในการทำงาน ดังนั้นเมื่อการโยกย้ายดังกล่าว เป็นการใช้ดุลยพินิจโดยมิชอบ ก็ถือว่าเป็นการกระทำที่ไม่ชอบด้วยกฎหมายด้วย
ดังนั้น ที่ประชุมใหญ่ศาลปกครองสูงสุดจึงให้การเยียวยาแก่ผู้ฟ้อง ด้วยการให้นายกรัฐมนตรีในฐานะผู้ถูกฟ้องที่ 1 ดำเนินการเพิกถอนประกาศให้มีผลย้อนหลังไปถึง 30 ก.ย.54 และดำเนินการภายใน 45 วัน นับตั้งแต่ศาลมีคำสั่ง
ด้านนายถวิล เปลี่ยนศรี ที่ปรึกษานายกรัฐมนตรี ฝ่ายข้าราชการประจำ อดีตเลขาธิการสภาความมั่นคงแห่งชาติ (สมช.) กล่าวภายหลังศาลฯ มีคำพิพากษาว่า ได้ใช้เวลาต่อสู้มาตั้งแต่ 7 ก.ย.54 - 7 มี.ค.57 รวมเป็นเวลา 2 ปี 6 เดือน ซึ่งหวังความยุติธรรมและถือว่าได้รับความกรุณาจากศาลแล้ว และหลังจากนี้พร้อมกลับไปทำงานได้ทันที
"ผมไม่ได้ต้องการเกียรติยศ มากกว่าศักดิ์ศรี" นายถวิล กล่าว
พร้อมกันนี้ นายถวิลได้กล่าวฝากไปยังข้าราชการเมืองว่า การใช้ระบบอุปถัมภ์ในการเมืองทำได้ แต่ขอแจ้งเตือนถึงฝ่ายการเมืองว่าระบบราชการที่ถูกกระทำด้วยระบบอุปถัมภ์จะเป็นหลักเกณฑ์ให้กับบ้านเมืองได้อย่างไร เพราะไม่ได้มีการเข้ามาในระบบด้วยความรู้ความสามารถอย่างแท้จริง ไม่มีคุณภาพในการทำงาน อีกทั้งเอื้อประโยชน์ในทางไม่ชอบด้วยซ้ำไป
"การใช้ระบบบอุปถัมภ์ เป็นการทำลายระบบข้าราชการอย่างย่อยยับ" นายถวิล กล่าว