ส่วนคำสั่งอื่น ๆ ได้แก่ ให้การบริหารราชการกระทรวง ทบวง กรม คสช.ได้จัดให้มีคณะทำงานโดยผู้บัญชาการเหล่าทัพปฏิบัติหน้าที่ ทั้งเศรษฐกิจ สังคม และความมั่นคง เพื่อกำกับราชการให้เป็นไปตามนโยบายของหัวหน้า คสช. และเป็นไปตามระเบียบ โปร่งใส เป็นธรรม, เรื่องใดที่อยู่ในอำนาจนายกฯ และ ครม. เป็นอำนาจของหัวหน้า คสช.แต่เพียงผู้เดียว โดยให้ทุกหน่วยราชการตรวจสอบกลั่นกรองให้ถูกต้อง
ฝ่ายต่างๆของ คสช.ดำเนินการกำหนดแนวทางการทำงานให้ชัดเจน มีคำสั่งย่อยเพื่อสร้างความเข้าใจในระดับปฏิบัติ รวมทั้งเร่งรัดขับเคลื่อนติดตามงานของกระทรวง จัดลำดับในการทำงานแผนงานเฉพาะหน้า งานเร่งด่วน และแผนงานระยะยาว เป็นต้น โดยทุกแผนงานต้องรอบคอบ ลดงานธุรการเพื่อประโยชน์ของชาติ่ ให้ทุกหน่วยงานโปร่งใสตรวจสอบได้ ไม่เสียวินัยทางด้านการเงินการคลัง
สำหรับแผนงานโครงการที่ริเริ่มใหม่ ให้เสนอ คสช.พิจารณาอนุมัติ เพื่อบรรจุในปีงบประมาณปี 58 หากเป็นโครงการใหญ่ต้องมีโรดแมปที่ชัดเจน หรือลดขนาดเป็นหลายโครงการเพื่อเข้าถึงประชาชนอย่างรวดเร็ว, การดำเนินการต่างๆต้องโปร่งใส เป็นที่พึงพอใจของประชาชน และไม่มีผลผูกพันกับรัฐบาลใหม่ หากจำเป็นให้ขออนุมัติจาก คสช., การบริหารราชการทุกเรื่องไม่ใช่ทหารไปสั่งการให้ส่วนราชการทำอะไรที่ผิดระเบียบ เป็นเพียงการไปกำกับติดตามดูแล เพื่อให้การทำงานเร็วขึ้น โดยไม่ปรับเปลี่ยนแนวทางของส่วนราชการที่ทำไว้อยู่เดิม
และ ในส่วนของการแต่งตั้งที่ปรึกษานั้น คสช.จะมีการแต่งตั้งใน 2 ระดับ คือ 1.ที่ปรึกษาระดับนโยบาย ได้แก่ ที่ปรึกษา คสช. และที่ปรึกษาด้านความมั่นคง และ 2. ที่ปรึกษาระดับนโยบายไปสู่การปฏิบัติ ของฝ่ายต่างๆชอง คสช. โดยที่ปรึกษาทุกระดับจะได้รับการพิจารณาและอนุมัติโดยหัวหน้า คสช.เท่านั้น ทั้งนี้ข้อเสนอแนะต่างๆจะทางผ่านสำนักงานเลขาธิการ คสช. เพื่อให้หัวหน้า คสช.พิจารณาแต่เพียงผู้เดียว