โดยข้อโต้แย้ง 4 ประเด็น ได้แก่ 1.งดการสืบพยานข้าวสารจำนวน 2.977 ล้านตัน และงดสืบพยานจำนวน 3 ปากที่เป็นผู้รับผิดชอบโดยตรงที่ยืนยันว่า ข้าวไม่ได้สูญหายตามที่กระทรวงการคลังโต้แย้งตามบันทึกจำนวนข้าว เนื่องจากคณะอนุกรรมการปิดบัญชีไม่บันทึกข้าวจำนวนดังกล่าวลงในบัญชีทำให้ตัวเลขไม่ตรงกับความเป็นจริง 2.วิธีการคำนวนค่าเสื่อมราคาข้าวของรัฐบาลและคณะอนุกรรมการปิดบัญชีใช่วิธีต่างกันทำให้ผลลัพท์ที่ออกมาไม่ตรงกัน 3.วิธีการคำนวนผลการขาดทุนของรัฐบาลและคณะอนุกรรมการปิดบัญชีต่างกัน 4.การที่ ป.ป.ช.มีมติไม่ไต่สวนนายอำพน กิตติอำพน เลขาธิการคณะรัฐมนตรี เพิ่มเติมนั้น เห็นว่า เมื่อ ป.ป.ช.พิจารณารูปแบบเอกสารแล้วก็ ควรจะพิจารณาในรูปแบบของพยานบุคคลด้วย
นายนรวิชย์ กล่าวว่า แม้การพิจารณาคดีโครงการทุจริตรับจำนำข้าวจะดำเนินการด้วยความรวดเร็ว แต่อยากให้นำผลตรวจสต๊อกข้าวทั่วประเทศของ คสช.มาใช้ประกอบการพิจารณาด้วย เพื่อเพิ่มความกระจ่าง และขณะนี้มีรายงานข่าวว่าการตรวจสต๊อกข้าวพบการทุจริตจำนวนมาก ทั้งที่เพิ่งดำเนินการจึงมองว่าไม่เป็นธรรม และขอให้มีการไต่สวนข้อมูลมากกว่านี้
ด้านนายวิทยา อาคมพิทักษ์ รองเลขาธิการ ป.ป.ช.กล่าวว่า ขณะนี้ได้มอบหมายให้เจ้าหน้าที่ ป.ป.ช.ในแต่ละจังหวัดเข้าร่วมการตรวจสต๊อกข้าวทั่วประเทศด้วย ซึ่งได้รับรายงานว่ามีข้าวเสื่อมสภาพบางส่วน โดยจะรอดูรายงานทั้งหมดก่อน หากพบว่าข้าวในแต่ละโกดังสูญหายเกินร้อยละ 5 จะดำเนินคดีกับเจ้าหน้าที่ผู้รับผิดชอบ หากเป็นเจ้าหน้าที่ระดับไม่เกินซี 7 จะส่งเรื่องไปให้สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตในภาครัฐ(ป.ป.ท.) ดำเนินการต่อไป
อย่างไรก็ตามการพิจารณาคดีโครงการทุจริตรับจำนำข้าวจะแยกกันพิจารณา ไม่จำเป็นต้องรอการตรวจสต๊อกข้าวของ คสช. แต่การดำเนินการจะประสานงานกับ คสช.ตลอดเวลา