นอกจากนี้ยังมีประเด็นที่เป็นข้อถกเถียงระหว่างในหน่วยงานที่รับผิดชอบโดยตรงต่อโครงการรับจำนำข้าว และคณะอนุกรรมการปิดบัญชี ที่มีความเห็นไม่ตรงกัน ทั้งในเรื่องของ ค่าเสื่อมคุณภาพข้าวที่ กรมการค้าภายใน กระทรวงพาณิยช์ คิดค่าเสื่อมคุณภาพข้าวปีละ 0.10% แต่คณะอนุกรรมการปิดบัญชี กลับคิดค่าเสื่อมปีละ 20 % ซึ่งหลายฝ่ายทักถ้วงว่าเป็นการคิดค่าเสื่อมที่ไม่เป็นไปตามหลักสากล รวมทั้งการคำนวณค่าความเสียหายและตัวเลขข้าวในสต๊อกที่ องค์การคลังสินค้า (อคส.) และองค์การตลาดเพื่อเกษตรกร (อ.ต.ก.) ยืนยันว่า มีปริมาณข้าวจำนวน 2.977 ล้านตัน อยู่ในสต๊อก แต่ คณะอนุกรรมการปิดบัญชี ไม่นำมาลงไว้ในจำนวนข้าวที่เหลือ เป็นเหตุให้เกิดความคลาดเคลื่อนในข้อเท็จจริง ทำให้ ป.ป.ช. พิจารณาข้อกล่าวหา บนพื้นฐานข้อเท็จจริงที่ไม่ถูกต้อง
ขณะที่คณะทำงานตามคำสั่งคณะรักษาความสงบเรียบร้อยแห่งชาติ (คสช.) ได้ตรวจสอบปริมาณและคุณภาพข้าวคงเหลือของรัฐ ทำการตรวจสอบปริมาณข้าวซ้ำเป็นครั้งที่ 2 พบว่าปริมาณข้าวที่ดีและถูกต้อง มีมากถึงร้อยละ 80 ส่วนอีกร้อยละ 10 เป็นข้าวที่มีคุณภาพไม่ตรงกับบัญชีที่แจ้งไว้ และที่เหลือยังอยู่ระหว่างการดำเนินการตรวจสอบ ซึ่งเป็นข้อมูลที่ชี้ให้เห็นว่า หาก ป.ป.ช. รับคำร้องของผู้ถูกกล่าวหาก่อนชี้มูลความผิด จะทำให้ ป.ป.ช.ได้ข้อเท็จจริงที่ตรงไปตรงมา
นายนรวิชญ์ กล่าวว่า ความไม่สมบูรณ์ของสำนวน ป.ป.ช.ในหลายประเด็นดังกล่าว น.ส.ยิ่งลักษณ์ จึงร้องขอความเป็นธรรม ทั้งในส่วนที่เป็นพยานบุคคลและพยานเอกสาร โดยเฉพาะในส่วนของพยานบุคคล ที่อัยการสูงสุดควรไต่สวนในแต่ละเรื่อง เพื่อให้ได้ข้อเท็จจริงว่า อดีตนายกรัฐมนตรีได้กระทำความผิดตามข้อกล่าวหาหรือไม่ ก่อนที่จะดำเนินการยื่นฟ้อง หรือไม่ฟ้องต่อไป