ทั้งนี้ หลังจากคดีขึ้นสู่ศาลอาญา นายสุเทพได้ยื่นคำร้องขอให้ศาลวินิจฉัยประเด็นข้อกฎหมายเช่นเดียวกับนายอภิสิทธิ์ จำเลยที่ 1 ได้ยื่นไปก่อนหน้านี้เกี่ยวกับอำนาจฟ้อง ซึ่งจำเลยทั้งสองเห็นว่ากรมสอบสวนคดีพิเศษ(DSI) ไม่มีอำนาจสอบสวน ขณะเดียวกันคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามการทุจริตแห่งชาติ(ป.ป.ช.) ได้รับเรื่องที่มีการกล่าวหาจำเลยทั้งสองปฏิบัติหน้าที่มิชอบในเรื่องเดียวกันนี้ไว้แล้ว และศาลได้สอบถามจำเลยทั้งสองแล้วทราบว่า ป.ป.ช.เคยเรียกจำเลยทั้งสองไปชี้แจง แต่ยังไม่เคยแจ้งข้อกล่าวหา
โดยศาลพิเคราะห์แล้วเห็นว่า แม้จำเลยที่ 1 และ 2 ได้ประกาศสถานการณ์ฉุกเฉินฯ และมีคำสั่งให้เจ้าหน้าที่ทหารใช้อาวุธและกระสุนปืนจริงจนมีผู้บาดเจ็บและเสียชีวิต แต่เป็นผลสืบเนื่องมาการปฏิบัติหน้าที่ในฐานะนายกรัฐมนตรีและรองนายกรัฐมนตรี การพิพากษาคดีจึงอยู่ในอำนาจหน้าที่ของศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองที่จะวินิจฉัย ศาลอาญาจึงไม่มีอำนาจ ซึ่งหาก ป.ป.ช.พิจารณาสำนวนคดีแล้วชี้มูลว่ามีความผิดก็จะต้องส่งให้ศาลฎีกาแผนกคดีอาญาของผู้ดำรงตำแหน่งทางการเมืองวินิจฉัยต่อไป