นอกจากนี้ มอบหมายให้รมช.คมนาคม มีหน้าที่รับผิดชอบในการกำหนดนโยบายเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพงานการขนส่งทางน้ำ การบริหารกิจการท่าเรือ ทั้งในลำน้ำและท่าเรือชายฝั่ง ตลอดจนบูรณาการให้สอดคล้องกับเขตนิคมอุตสาหกรรมของประเทศ เช่น ท่าเรือมาบตาพุด และท่าเรือนิคมอุตสาหกรมอื่นๆ รวมถึงการส่งเสริมประสิทธิภาพการเดินทางในระบบขนส่งสาธารณะทางน้ำ เช่น ในคลองเสนแสบและแม่น้ำเจ้าพระยา เป็นต้น ทั้งนี้ ตั้งแตบัดนี้เป็นต้นไป