ในการดำเนินงานกลไก JCM นั้น ทั้งสองฝ่ายจะจัดตั้งคณะกรรมการร่วม(Joint Committee) ประกอบด้วย ผู้แทนจากทั้งสองฝ่ายเพื่อทำหน้าที่พัฒนาหลักเกณฑ์และแนวทาง ระเบียบวิธีการลดก๊าซเรือนกระจก ข้อจำกัดแต่งตั้งผู้ประเมินภายนอกและเรื่องอื่นๆ ที่เกี่ยวข้องกับการดำเนินงานและการบริหารงานกลไก JCM โดยคณะกรรมการร่วมจะจัดการประชุมเป็นประจำเพื่อประเมินผลการดำเนินงานของกลไก JCM นอกจากนี้ร่างความร่วมมือทวิภาคี JCM ระบุให้ปันส่วนปริมาณการลดก๊าซเรือนกระจกที่ได้จากโครงการภายใต้กลไก JCM ระหว่างสองประเทศ รวมทั้งพัฒนาระเบียบวิธีการลดก๊าซเรือนกระจกที่มีความน่าเชื่อถือปฏิบัติได้จริง และป้องกันการออกคาร์บอนเครดิตซ้ำซ้อน ตลอดจนสนับสนุนทางการเงิน เทคโนโลยี และเสริมสร้างศักยภาพแก่ฝ่ายไทย ร่างความร่วมมือทวิภาคี JCM ดังกล่าวไม่มีวัตถุประสงค์ที่จะก่อให้เกิดหน้าที่ระหว่างประเทศใด ๆ และจะสิ้นสุดลงเมื่อข้อตกลงระหว่างประเทศใหม่ด้านการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศภายใต้อนุสัญญาสหประชาชาติด้านการเปลี่ยนแปลงสภาพภูมิอากาศเริ่มมีผลบังคับใช้ ซึ่งคาดว่าจะเป็นช่วงเวลาตั้งแต่ปี 2564 เป็นต้นไป