แต่ตนเห็นว่าระบบนี้จะมีปัญหาทั้งเรื่องหลักการและวิธีปฏิบัติดังนี้ การให้กาบัตรเดียว อาจเป็นการจำกัดสิทธิประชาชนที่จะเลือกผู้สมัครหรือพรรคที่ตนชอบ เพราะในทางปฏิบัติประชาชนอาจไม่ชอบผู้สมัคร แต่ชอบพรรค ดังนั้นการให้กาบัตรเดียวไม่สนับสนุนระบบพรรคการเมือง เพราะผู้เลือกตั้งไม่สามารถเลือกพรรคที่ตนชอบอีกบัตรหนึ่งได้เช่นที่กำหนดในรัฐธรรมนูญปี 2540
การตัดคะแนนผู้สมัครที่ชนะเลือกตั้งในเขตทิ้งไป และนำเฉพาะคะแนนของผู้สมัครที่แพ้เลือกตั้งไปคำนวณจำนวน ส.ส.ในระบบบัญชีรายชื่อ เป็นการขัดเจตนารมณ์ของประชาชน เพราะประชาชนอาจจำใจเลือก ส.ส.เขตทั้งๆ ที่ไม่ชอบผู้สมัครคนนั้น แต่จำใจเลือกไปเพื่อให้พรรคที่ตนชอบหรือคนที่อยู่ในบัญชีรายชื่อในลำดับแรกของพรรคนั้นได้รับเลือกหรือเป็นนายกรัฐมนตรี ดังนั้นถ้าผู้สมัครของพรรคนั้นชนะเลือกตั้ง ความต้องการให้คะแนนส่งผลถึงตัวบุคคลในระบบบัญชีรายชื่อก็ไร้ผล
"ที่บอกว่าระบบการเลือกตั้งที่เสนอใหม่เพื่อไม่ให้คะแนนแต่ละคะแนนสูญเปล่านั้น จะทำให้เกิดผลในทางตรงข้าม เพราะคะแนนของพรรคที่ชนะเลือกตั้งในเขตไม่ถูกนำมาคำนวณเพื่อกำหนด ส.ส.ในระบบบัญชีรายชื่อ ดังนั้นขอตั้งคำถามว่าระบบใหม่นี้มีความย้อนแย้งในตัวเองหรือไม่" นายนพดล กล่าว
พร้อมมองว่า การเลือกตั้งระบบใหม่จะทำให้มีโอกาสเกิดรัฐบาลผสมสูงขึ้น ซึ่งอาจทำให้การเมืองขาดเสถียรภาพจากการต่อรองของพรรคร่วมรัฐบาล และในกรณีเกิดรัฐบาลผสม จะทำไห้พรรคร่วมรัฐบาลเกี่ยงความรับผิดชอบต่อประชาชน ทำให้ระบบความรับผิดชอบทางการเมืองที่จำเป็นในระบอบประชาธิปไตยในเรื่องนโยบายอ่อนแอลง
นายนพดล แสดงความเห็นว่า ระบบเลือกตั้งที่ดีควรสะท้อนเจตนารมณ์ของประชาชน และเปิดโอกาสให้เลือกทั้งคนและพรรค หรือต้องไม่ตัดคะแนนใดๆ ที่ประชาชนมอบให้ไม่ว่าจะเป็นพรรคที่แพ้เลือกตั้งหรือที่ชนะเลือกตั้งก็ตาม ดังนั้นควรนำทุกคะแนนที่ประชาชนเลือกมาคำนวณ ส.ส.บัญชีรายชื่อ โดยทางออกที่เหมาะสมคือถ้าจะให้กาบัตรเดียวก็ควรนำทุกคะแนนของทุกพรรคมาคำนวณ หรือควรให้ประชาชนกา 2 บัตร บัตรแรกกาผู้สมัคร บัตร 2 กาพรรคที่ตนชอบ ซึ่งเป็นวิธีที่คนไทยคุ้นเคยและเป็นธรรมกับทุกพรรค