ในแถลงการณ์ได้ระบุเหตุผลว่า การบริหารจัดการข้าวไม่ว่าจะเป็นการเก็บรักษา การระบาย หรือการดำเนินการต่อผู้รับผิดเพื่อชดใช้ความเสียหายแก่รัฐ ถือเป็นงานประจำของฝ่ายบริหารที่ได้กระทำมาอย่างต่อเนื่องมาเป็นเวลาช้านานของทุกรัฐบาลรวมทั้งมีหน่วยงานที่ต้องรับผิดชอบดำเนินการอย่างชัดเจน เนื่องจากเป็นหน้าที่ของรัฐที่ต้องช่วยเหลือเกษตรกรเพื่อให้ได้รับผลตอบแทนสูงสุดอันเป็นหน้าที่ตามรัฐธรรมนูญ ไม่ใช่เป็นเรื่องใหม่ที่มีความเร่งด่วนหรือเป็นการกระทำอันเป็นการบ่อนทำลายต่อความมั่นคงทางเศรษฐกิจตามมาตรา 44 ที่นำมาเป็นข้ออ้างแต่อย่างใด
ทั้งนี้ คำสั่งตามมาตรา 44 ที่ให้อำนาจแก่คนคนเดียวในการออกคำสั่งในทางใดก็ได้ไม่ว่าจะเป็นทางบริหาร นิติบัญญัติหรือตุลาการ ถือเป็นบทบัญญัติที่ขัดต่อหลักนิติธรรมอย่างชัดแจ้งที่จะต้องหลีกเลี่ยงการใช้หรือพึงใช้ด้วยความระมัดระวัง แต่การอ้างเพื่อคุ้มครองบุคคล คณะบุคคล คณะทำงาน คณะกรรมการ หน่วยงานของรัฐ หรือเจ้าหน้าที่ของรัฐที่ได้รับมอบหมายให้ทำหน้าที่บริหารจัดการข้าวของรัฐที่กระทำไปโดยสุจริต ให้พ้นจากความรับผิดทั้งทางแพ่ง ทางอาญา หรือทางวินัย นั้น ไม่มีเหตุผลและความจำเป็นที่ต้องออกเป็นคำสั่งดังกล่าวอีก เนื่องจากผู้ที่กระทำการไปโดยสุจริตย่อมได้รับความคุ้มครองตามกฎหมายที่บังคับใช้อยู่ในขณะนี้แล้ว
การออกคำสั่งดังกล่าวยังขัดกับหลักการตามประกาศ คสช.ฉบับที่ 63/2557 เรื่อง นโยบายเกี่ยวกับกระบวนการยุติธรรมของรัฐ ลงวันที่ 12 มิถุนายน 2557 ที่ผู้ออกคำสั่งประกาศว่า "ประชาชนต้องได้รับความเป็นธรรมภายใต้บทบัญญัติแห่งกฎหมายอย่างทั่วถึง โดยเสมอภาคและเท่าเทียมกันในกระบวนการยุติธรรม หน่วยงานของรัฐที่เกี่ยวกับกระบวนการยุติธรรมจะต้องปฏิบัติงานด้วยความเที่ยงธรรม มีบรรทัดฐานที่ชัดเจนที่สาธารณชนสามารถตรวจสอบได้ หลีกเลี่ยงการการดำเนินการใดๆ ที่อาจทำให้เกิดความเข้าใจผิดในการบังคับใช้กฎหมาย อันจะนำไปสู่ความขัดแย้งและความแตกแยกในสังคม ทั้งนี้ ต้องเป็นไปตามหลักนิติธรรมและไม่มีการเลือกปฏิบัติ" แต่คำสั่งที่ 39/2558 ปิดกั้นโอกาสของผู้เสียหายไม่ให้เรียกร้องความชอบธรรมด้วยการใช้สิทธิทางศาลถือเป็นการละเมิดเสรีภาพในกระบวนการยุติธรรมอย่างร้ายแรง ทำให้ปัญหาความขัดแย้งและความแตกแยกในสังคมขยายตัวเพิ่มมากขึ้น
รวมทั้งคำสั่ง คสช.ฉบับที่ 1/2557 เรื่อง การควบคุมอำนาจการปกครองประเทศ ลงวันที่ 22 พฤษภาคม 2557 คือ "ประชาชนในชาติเกิดความรัก ความสามัคคีเช่นเดียวกับห้วงที่ผ่านมา เพื่อให้เกิดความชอบธรรมกับทุกพวก ทุกฝ่าย" รวมถึงถ้อยแถลงทางวาจาของผู้ออกคำสั่งที่แสดงต่อสาธารณะในแทบทุกโอกาสเรียกร้องให้ทุกคนเคารพกฎหมายและเข้าสู่กระบวนการยุติธรรม จึงขัดกันโดยสิ้นเชิงกับการออกคำสั่งที่ 39/2558 ที่ผู้ออกคำสั่งกับพวกกลับเป็นฝ่ายหลีกเลี่ยงการเข้าสู่กระบวนการยุติธรรมเสียเอง
นอกจากนั้น ผลการศึกษาปัญหาความขัดแย้งในสังคมไทยจากทุกสถาบันเห็นตรงกันว่ามีสาเหตุสำคัญมาจากการเมือง การปกครอง กฎหมายและการบังคับใช้กฎหมายที่ไม่เป็นไปตามหลักนิติธรรม มีการเลือกปฏิบัติในลักษณะที่เรียกกันว่าสองมาตรฐาน คสช.องก็ตระหนักในปัญหาดังกล่าว ดังนั้น การออกคำสั่งที่ 39/2558 ยังเป็นการทำลายหลักการที่ตนเองประกาศทั้งด้วยวาจาและลายลักษณ์อักษร
ประการสำคัญที่สุดคือการอ้างคำว่า "สุจริต" แล้วออกกฎหมายหรือคำสั่งยกเว้นความรับผิดไว้ล่วงหน้า เป็นการแทรกแซงอำนาจตุลาการในกระบวนการยุติธรรมและกลายเป็นสิ่งที่ทำจนเป็นบรรทัดฐาน หน้าที่การพิสูจน์การกระทำว่าสุจริตหรือไม่ต้องเป็นของคนกลางคือศาลหรือสถาบันตุลาการที่ใช้อำนาจแทนประชาชน ไม่ใช่ให้ตัวผู้กระทำซึ่งเป็นผู้มีส่วนได้เสียเป็นผู้พิสูจน์หรือบอกกับสังคมเสียเองดังที่ทำกันมาโดยตลอด