โดยจะมีการแบ่งชำระเป็น 3 งวด ประกอบด้วย งวดที่ 1 ชำระ 40% ภายในวันที่ 21 พ.ย.58 เป็นเงินจำนวน 3,174,581,566 ล้านบาท หรือคิดเป็นเงินเหรียญสหรัฐ จำนวน 21,717,855 เหรียญสหรัฐ งวดที่ 2 ชำระ 30% ภายในวันที่ 21 พ.ค.59 เป็นเงินจำนวน 2,380,936,174 ล้านบาท หรือคิดเป็นเงินเหรียญสหรัฐ จำนวน 16,288,391 เหรียญสหรัฐ และงวดที่ 3 ชำระ 30% ภายในวันที่ 21 พ.ย.59 เป็นเงินจำนวน 2,380,936,174 ล้านบาท หรือคิดเป็นเงินเหรียญสหรัฐ จำนวน 16,288,391 เหรียญสหรัฐ
"นายกรัฐมนตรี เน้นย้ำว่าในรัฐบาลนี้ การจะทำโครงการทั้งหลายต้องคำนึงถึงประโยชน์ของสังคมเป็นส่วนรวม และต้องไม่ให้เกิดภาระในลักษณะแบบนี้กับประเทศชาติอีกเป็นอันขาด เพราะเงินงบประมาณเหล่านี้สามารถไปทำประโยชน์ต่างๆ ได้อีกเยอะ แต่กลับต้องมาจ่ายเงินกับสิ่งเหล่านี้ ซึ่งจะยึกยักไม่จ่ายไม่ได้ เพราะอนุญาโตตุลาการก็ตัดสินแล้ว ศาลก็ยืนตามคำชี้ขาดของอนุญาโต ซึ่งถือเป็นงบประมาณไม่น้อย" โฆษกประจำสำนักนายกรัฐมนตรี กล่าว
พร้อมกันนี้ ที่ประชุมคณะรัฐมนตีรได้มอบหมายกรมควบคุมมลพิษ และองค์การจัดการน้ำเสีย หน่วยงานในสังกัดกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม ที่รับผิดชอบโครงการคลองด่านไปดำเนินการตรวจสอบ-วิเคราะห์สภาพงานก่อสร้าง และองค์ประกอบต่างๆ รวมถึงการประเมินมูลค่าปัจจุบันของโครงการในสภาพปัจจุบัน และหาแนวทางที่เหมาะสมเพื่อนำโครงการนี้มาใช้ให้เกิดประโยชน์และคุ้มค่ากับงบประมาณที่ต้องเสียไป ยกเว้นเรื่องการดำเนินคดีที่เกี่ยวเนื่องกับโครงการนี้ยังเป็นความรับผิดชอบของกรมควบคุมมลพิษเช่นเดิม