พล.อ.ประยุทธ์ จันทร์โอชา นายกรัฐมนตรีและหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) เปิดเผยว่า มอบหมายให้ รมว.คลัง เป็นผู้ลงนามคำสั่งทางปกครองเพื่อเรียกค่าเสียหายจากโครงการรับจำนำข้าว ซึ่งเป็นกระบวนการเดียวกันกับที่กระทรวงพาณิชย์ได้ดำเนินการไว้ พร้อมทั้งยืนยันว่า จะดำเนินการส่งฟ้องศาลทันอายุความภายในเดือน ก.พ.60
สำหรับกรณีที่คณะกรรมการพิจารณารับผิดทางแพ่งได้เรียกค่าเสียโครงการรับจำนำข้าวจาก น.ส.ยิ่งลักษณ์ ชินวัตร อดีตนายกรัฐมนตรี 20% ของความเสียหาย 178,000 ล้านบาท หรือคิดเป็น 35,700 ล้านบาทนั้น นายรัฐมนตรีชี้แจงว่า เป็นการดำเนินการในฐานะที่อดีตนายกรัฐมนตรีเป็นผู้รับผิดชอบในโครงการนี้ และไม่ระงับยับยั้งโครงการตามที่ต่อคณะกรรมการป้องกันและปราปบรามการทุจริตแห่งชาติ (ป.ป.ช.)และ สำนักงานตรวจเงินแผ่นดิน(สตง.)ได้แจ้งเตือน
ส่วนความเสียหายที่เหลือ 80% หรือ 142,000 ล้านบาทที่มีการฟ้องร้องผู้ที่กระทำทุจริตในโครงการนี้อีก 850 คดีนั้น จะมอบหมายให้ศูนย์อำนวยการต่อต้านการทุจริตแห่งชาติ (ศอตช.) เข้าไปร่วมในการตรวจสอบหาผู้กระทำผิดในระดับผู้บริหาร ร่วมกับหน่วยงานอื่นๆที่ต้องตรวจสอบหาผู้กระทำผิดและเรียกค่าเสียหายจากเจ้าหน้าที่รัฐ ข้าราชการ และเอกชน
อย่างไรก็ตาม นายกรัฐมนตรี ยืนยันว่าการใช้ ม.44 คำสั่งหัวหน้าคณะรักษาความสงบแห่งชาติ (คสช.) ที่ 56/2559 เรื่องการคุ้มครองการบริหารจัดการผลิตภัณฑ์ทางการเกษตรในการดูแลของรัฐ และการดำเนินการต่อผู้ต้องรับผิด ไม่ใช่เป็นการเข้าไปตัดสินคดีรับจำนำข้าวแต่เพื่ออำนวยความสะดวกให้ข้าราชการมีการมั่นใจในการตรวจสอบคดีนี้
"ผมมีหน้าที่อำนวยความเป็นธรรมในกระบวนการยุติธรรม ไม่ได้ใช้อำนาจชี้ผิดชี้ถูก แต่ปกป้องเจ้าหน้าที่ไว้ เพราะเขาไม่กล้าที่ผ่านมามีการขู่ ผมต้องมีมาตราของผมปกป้องเขา ไม่ใช่ปกป้องให้เขารังแกคน ให้เขากล้าทำงานแค่นั่นเอง ม.44 ไม่ใช่ไปตัดสินชี้ผิดชี้ถูก ไม่ได้ไปตัดสินจำนำข้าว"พล.อ.ประยุทธ์ กล่าว
ขณะที่กรณีที่นายบุญทรง เตริยาภิรมย์ อดีตรมว.พาณิชย์ จะมีการฟ้องร้องกลับทั้งทางอาญาและทางแพ่งกับผู้ที่เกี่ยวข้องทั้งหมด นายกรัฐมนตรี ยืนยันไม่กังวลต่อเรื่องนี้ เพราะทำตามหน้าที่ในการทำให้คดีความเข้าสู่กระบวนการยุติธรรมเท่านั้น