ศูนย์วิจัยกสิกรไทย ประเมินผลกระทบทางภาคการเกษตรจากสถานการณ์อุทกภัยในปี 2553 อาจมีมูลค่าประมาณ 3,000-6,000 ล้านบาท แม้ความเสียหายอาจคิดเป็นเพียงร้อยละ 0.2-0.5 ของจีดีพีภาคเกษตรทั้งปี แต่นับว่ามีผลกระทบไม่น้อยต่อภาคเกษตรกรรมในไตรมาสที่ 4/2553 โดยความสูญเสียจากอุทกภัยอาจจะฉุดให้จีดีพีภาคเกษตรในไตรมาสที่ 4/2553 ต่ำกว่าคาดการณ์เดิมร้อยละ 0.7-1.4 โดยอัตราการขยายตัว(ณ ราคาปีปัจจุบัน)อาจลดลงมาอยู่ที่ร้อยละ 31.4 - 32.1 YoY จากเดิมที่คาดการณ์ไว้ที่ร้อยละ 32.8
ทั้งนี้ ความเสียหายภาคเกษตรกรรมจากปัญหาอุทกภัยในปี 2553 แยกออกเป็น ด้านกสิกรรมหรือด้านพืช ผลผลิตด้านพืชที่คาดว่าจะเสียหายมาก ได้แก่ ข้าว ข้าวโพด มันสำปะหลัง โดยเฉพาะข้าว ซึ่งอยู่ในช่วงที่ข้าวนาปีกำลังออกรวงรอการเก็บเกี่ยวในช่วงเดือนพฤศจิกายน หากน้ำท่วมขังนานเกิน 7 วัน จะทำให้ผลผลิตเน่าเสีย และหากเกษตรกรเร่งเก็บเกี่ยวเพื่อหนีน้ำท่วม ผลผลิตข้าวที่ได้คุณภาพไม่ดีเท่าที่ควร จากที่คาดว่าปีเพาะปลูก 2553/54 ผลผลิตข้าวทั้งหมดอยู่ในระดับ 30 ล้านตันข้าวเปลือก ลดลงจากเดิมที่คาดว่าจะมีผลผลิต 32 ล้านตันข้าวเปลือก โดยคาดว่าผลผลิตข้าวนาปีจะอยู่ที่ 23 ล้านตันข้าวเปลือก อาจได้ผลผลิตเพียง 22.6 ล้านตันข้าวเปลือก จากข้อมูลพื้นที่เสียหายจากภาวะน้ำท่วมของกระทรวงเกษตรฯ 7-8 แสนไร่ ก็น่าจะกระทบต่อผลผลิตข้าวเปลือกนาปีที่ลดลง 4 แสนตัน (3 แสนตันข้าวสาร) ซึ่งยังไม่กระทบต่อภาพรวมของผลผลิตมากนัก แต่หากพื้นที่เสียหายขยายมากขึ้นเกิน 2 ล้านไร่ จะทำให้ผลผลิตข้าวเปลือกลดลงกว่า 1 ล้านตัน (9 แสนตันข้าวสาร) อาจทำให้ภาวะข้าวในตลาดตึงตัวได้ในช่วงต้นปี 2554
ด้านปศุสัตว์ ภาวะอุทกภัยสร้างความเสียหายกับปศุสัตว์โดยเฉพาะไก่เนื้อ และโคกระบือ ซึ่งภาคตะวันออกเฉียงเหนือเป็นแหล่งผลิตสำคัญ (ช่วงภัยระหว่างวันที่ 1 สิงหาคม — 20 ตุลาคม 2553) เกษตรกร 50,744 ราย ปศุสัตว์ได้รับผลกระทบ 4.63 ล้านตัว และแปลงหญ้าที่ปลูกไว้สำหรับเลี้ยงสัตว์กระทบ 30,552 ไร่
ด้านประมง ส่วนใหญ่เป็นสัตว์น้ำจืด โดยเฉพาะปลาน้ำจืด เนื่องจากภาคตะวันออกเฉียงเหนือ และภาคเหนือตอนล่าง โดยเฉพาะนครสวรรค์เป็นแหล่งเพาะเลี้ยงปลาน้ำจืดที่สำคัญของประเทศ (ช่วงภัยระหว่างวันที่ 1 สิงหาคม-18 ตุลาคม 2553) เกษตรกร 40,335 ราย พื้นที่เพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ 53,023 ไร่ และกระชังเลี้ยงสัตว์น้ำ 11,980 ตารางเมตร
ศูนย์วิจัยกสิกรไทย ประเมินว่าความเสียหายในวงจำกัดหรือไม่ขยายวงไปมากกว่านี้ มูลค่าความเสียหายประมาณ 3,000 ล้านบาท ส่งผลให้อัตราการขยายตัวของจีดีพีภาคเกษตร(ณ ราคาปีปัจจุบัน)ในช่วงไตรมาสสุดท้ายของปี 2553 ลดลงเหลือร้อยละ 32.1 จากเดิมที่คาดว่าในปี 2553 จะขยายตัวร้อยละ 32.8 หรืออัตราการขยายตัวลดลงร้อยละ 0.7 และอัตราการขยายตัวของจีดีพีภาคเกษตรทั้งปี 2553 ลดลงเหลือร้อยละ 22.2 จากเดิมที่คาดว่าในปี 2553 จะขยายตัวร้อยละ 22.4 หรืออัตราการขยายตัวลดลงร้อยละ 1.4
อย่างไรก็ตาม หากความเสียหายยังคงขยายวงเพิ่มขึ้น โดยต้องจับตาพื้นที่สำคัญ 3 แหล่ง คือ พื้นที่ในเขตลุ่มเจ้าพระยา ซึ่งเป็นแหล่งปลูกข้าวที่สำคัญของประเทศ พื้นที่ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนล่าง ซึ่งเป็นแหล่งปลูกข้าวหอมมะลิ (ปลูกได้เพียงปีละครั้ง) และพื้นที่ในภาคตะวันออกเฉียงเหนือตอนบน โดยเฉพาะจังหวัดอุบลราชธานี
ศูนย์วิจัยกสิกรไทย ประเมินว่าหากพื้นที่ทั้งสามแหล่งนี้ได้รับผลกระทบจากปัญหาน้ำท่วมจะทำให้มูลค่าความเสียหายในภาคเกษตรกรรมจะเพิ่มขึ้นไปแตะระดับ 6,000 ล้านบาท ส่งผลให้อัตราการขยายตัวของจีดีพีภาคเกษตร(ณ ราคาปีปัจจุบัน) ในช่วงไตรมาสสุดท้ายของปี 2553 ลดลงเหลือร้อยละ 31.4 จากเดิมที่คาดว่าในปี 2553 จะขยายตัวร้อยละ 32.8 หรืออัตราการขยายตัวลดลงร้อยละ 1.4 และอัตราการขยายตัวของจีดีพีภาคเกษตรทั้งปี 2553 ลดลงเหลือร้อยละ 21.9 จากเดิมที่คาดว่าในปี 2553 จะขยายตัวร้อยละ 22.4 หรืออัตราการขยายตัวลดลงร้อยละ 0.5
ทั้งนี้ ผลกระทบจากน้ำท่วม ทำให้รายได้เกษตรกรในช่วงไตรมาสสุดท้ายของปี 2553 ลดลง และอาจส่งผลกระทบต่อเนื่องต่อรายได้เกษตรกรไปจนถึงไตรมาสแรกของปี 2554 รวมทั้งคาดว่า ราคาสินค้าเกษตรจะมีแนวโน้มสูงขึ้นในช่วงไตรมาสสุดท้ายของปีนี้ต่อเนื่องถึงครึ่งแรกของปี 2554 โดยมีแรงหนุนเดิมจากความต้องการในตลาดโลกที่ยังอยู่ในเกณฑ์สูงต่อเนื่อง อันเป็นผลจากทั้งประเทศผู้ผลิตและผู้นำเข้าสินค้าเกษตรสำคัญของโลก ผลผลิตเกษตรเสียหายจากภาวะอากาศที่ไม่เอื้ออำนวย
อย่างไรก็ดี อัตราการปรับเพิ่มขึ้นของราคานั้น จะขึ้นอยู่กับพื้นที่ความเสียหาย สวนทางกับปีปกติที่ในช่วงไตรมาสสุดท้าย จะเป็นช่วงต้นฤดูการผลิตสินค้าเกษตรสำคัญ ดังนั้น ประเด็นที่น่าสนใจก็คือ ราคาที่ปรับสูงขึ้นดังกล่าวจะสามารถชดเชยกับปริมาณผลผลิตที่ลดลงได้หรือไม่ และมากน้อยเพียงใด