ศูนย์วิจัยเศรษฐกิจและธุรกิจ ธนาคารไทยพาณิชย์ ระบุว่า พลังงานทดแทนเป็นประเด็นที่ได้รับความสนใจมากขึ้นในช่วงภาวะราคาน้ำมันแพง ไบโอดีเซลเป็นหนึ่งในพลังงานทดแทนหลักที่รัฐบาลให้การสนับสนุน แม้ว่าการใช้น้ำมันปาล์มมาทดแทนเพื่อลดการใช้น้ำมันดีเซลจะทำให้ต้นทุนราคาน้ำมันเพิ่มขึ้น แต่ประโยชน์ที่ได้รับจากการใช้น้ำมันปาล์มเพื่อการผลิตไบโอดีเซล คือการพยุงราคาปาล์มน้ำมันเพื่อส่งเสริมรายได้ของเกษตรกร และลดการนำเข้าพลังงานจากต่างประเทศ
ทว่าสถานการณ์ในปัจจุบันที่ราคาน้ำมันดิบเพิ่มสูงขึ้น เป็นปัจจัยผลักดันให้ราคาน้ำมันปาล์มที่ใช้ผลิตไบโอดีเซลเพิ่มสูงขึ้น ทำให้ต้นทุนที่แท้จริงของการผลิตน้ำมัน B100 เพิ่มสูงขึ้นด้วย
ปัจจุบันราคาน้ำมันปาล์มอยู่ที่ระดับประมาณ 145 ดอลลาร์สหรัฐต่อบาร์เรล และมีแนวโน้มปรับตัวสูงขึ้นไปในทิศทางเดียวกับราคาน้ำมันดิบในตลาดโลก เนื่องจากหากเชื้อเพลิงฟอสซิลที่ผลิตจากน้ำมันดิบมีราคาสูง ความต้องการน้ำมันปาล์มเพื่อใช้ผลิตไบโอดีเซลเป็นพลังงานทดแทน และใช้เป็นวัตถุดิบตั้งต้นในอุตสาหกรรมโอลิโอเคมี ก็จะมีมากขึ้น ซึ่งจะส่งผลต่อไปยังราคาของน้ำมันปาล์มที่จะปรับตัวสูงขึ้น และนั่นหมายถึงต้นทุนวัตถุดิบของการผลิตไบโอดีเซลก็จะเพิ่มสูงตามไปด้วย
จากการวิเคราะห์ของ EIC พบว่า ปัจจุบันราคาน้ำมันไบโอดีเซล B100 มีมูลค่าสูงกว่าราคาน้ำมันดีเซลอยู่ประมาณ 20-30% เมื่อนำไปผสมเป็นน้ำมันไบโอดีเซล B5 จะทำให้ต้นทุนการผลิตสูงขึ้นประมาณ 1-1.5% และการเพิ่มสัดส่วนน้ำมัน B100 ทุกๆ 5% ในน้ำมันดีเซล จะทำให้ต้นทุนการผลิตเพิ่มขึ้นประมาณ 25 สตางค์ต่อลิตร ดังนั้นจะเห็นได้ว่าปัจจัยด้านต้นทุนถือเป็นอุปสรรคอย่างหนึ่งของอุตสาหกรรมไบโอดีเซล
นอกจากนี้ การผลิตไบโอดีเซลในประเทศไทยยังพึ่งพาปาล์มน้ำมันเป็นหลักทำให้เสี่ยงต่อการขาดแคลนวัตถุดิบ หากเกษตรกรปลูกปาล์มน้ำมันได้ผลผลิตน้อย น้ำมันปาล์มดิบเกิดการขาดแคลน จะส่งผลต่อต้นทุนการผลิตน้ำมัน B100 ที่เพิ่มสูงขึ้น ในอดีตไทยมีผลผลิตปาล์มน้ำมันไม่เพียงพอต่อการบริโภคและนำไปผลิตไบโอดีเซล แต่ในปัจจุบันผลผลิตปาล์มน้ำมันของไทยมีปริมาณเกินความต้องการ อย่างไรก็ตาม ผู้ผลิตไบโอดีเซลก็ยังมีความเสี่ยงต่อการขาดแคลนวัตถุดิบ ซึ่งสาเหตุเกิดจากการบริหารจัดการที่ไม่มีประสิทธิภาพ เช่น มีการส่งออกน้ำมันปาล์มจนเกินตัว ทำให้ผลผลิตมีไม่เพียงพอต่อการใช้ภายในประเทศ ดังเช่นสาเหตุที่เกิดการขาดแคลนน้ำมันปาล์มในปี 2011 เนื่องมาจากมีการส่งออกน้ำมันปาล์มกว่า 200,000 ตันในปี 2010 ทำให้ต้องเลื่อนการบังคับใช้น้ำมันไบโอดีเซล B5 ทั่วประเทศ ในเดือนมกราคม 2011 ออกไป
"ราคาน้ำมันปาล์มซึ่งเป็นวัตถุดิบหลักในการผลิตน้ำมันไบโอดีเซล B100 มีความผันผวน เหล่านี้เป็นปัจจัยเชิงลบต่อต้นทุนการผลิตไบโอดีเซล แม้ว่ารัฐบาลมีมาตรการสนับสนุนการใช้ไบโอดีเซลอย่างเป็นรูปธรรม แต่การผลิตและการเพิ่มสัดส่วนการใช้น้ำมันไบโอดีเซล B100 ยังมีอุปสรรค" ศูนย์วิจัยฯ ระบุ
ดังนั้น ศูนย์วิจัยฯ มองว่า ควรสนับสนุนการผลิตน้ำมันปาล์มมากขึ้น โดยค้นคว้าการเพิ่มผลผลิตปาล์มน้ำมันต่อไร่ เพิ่มผลผลิตจากกระบวนการสกัดน้ำมันปาล์ม ควบคู่ไปกับส่งเสริมการเพิ่มพื้นที่เพาะปลูกให้มากขึ้น
ทั้งนี้ ตามที่ แผนแม่บทที่กำหนดให้เพิ่มพื้นที่การปลูกปาล์มน้ำมันอีก 2.5 ล้านไร่ภายในปี 2012 ในความเป็นจริงแล้วยังไม่เพียงพอต่อความต้องการน้ำมันปาล์มหากรัฐต้องการสนับสนุนการใช้น้ำมันไบโอดีเซลที่มีสัดส่วน B100 มากกว่า 5% นอกจากนี้ แม้ว่าการผลิตผลผลิตต่อไร่ ท้ายที่สุดไม่ได้ลดต้นทุนให้กับโรงกลั่นน้ำมันไบโอดีเซล เพราะราคาน้ำมันปาล์มดิบเป็นไปตามกลไกตลาดโลก แต่จะช่วยให้โรงสกัดน้ำมันปาล์มมีต้นทุนต่อหน่วยน้ำมันดิบลดลง ทำให้สามารถเพิ่มราคารับซื้อผลผลิตที่ให้ยังเกษตรกรได้
อีกทั้ง ควรสนับสนุนการพัฒนาพืชน้ำมันต้นทุนต่ำที่สามารถทดแทนการใช้ปาล์มน้ำมันบางส่วน เพื่อเพิ่มปริมาณวัตถุดิบเข้าสู่อุตสาหกรรมพลังงานทดแทน หากสามารถกำหนดราคาขายพืชทางเลือกภายในประเทศได้เอง และราคาของพืชทางเลือกนี้ไม่ผูกกับราคาพืชน้ำมันในปัจจุบันมากจนเกินไปนัก น่าจะเป็นการเฉลี่ยต้นทุนของน้ำมันไบโอดีเซลให้ถูกลงได้ ทั้งยังเป็นการลดความเสี่ยงเรื่องการขาดแคลนวัตถุดิบปาล์มน้ำมัน
นอกจากนี้ รัฐบาลควรขอความร่วมมือจากผู้ผลิตรถยนต์และรถบรรทุกให้ผลิตรถที่รองรับการใช้น้ำมันไบโอดีเซลที่ผสมในอัตราส่วนที่สูงขึ้น จะทำให้ผู้บริโภคมีความมั่นใจในการใช้น้ำมันที่ผสมไบโอดีเซล B100 มากกว่า 5% รวมถึงมีการประชาสัมพันธ์ถึงข้อดีของน้ำมันไบโอดีเซล เช่น การใช้ไบโอดีเซลช่วยลดเขม่าควันดำเนื่องจากไม่มีสาร Aromatic เหมือนในน้ำมันดีเซล และช่วยรักษาสภาพแวดล้อม จะทำให้ผู้บริโภคมีทัศนคติที่ดีต่อน้ำมันไบโอดีเซลเปอร์เซนต์สูงและเลือกใช้ในราคาที่สูงกว่า