เนื่องจากปัจจุบัน ไทยได้รับการจัดกลุ่มโดยธนาคารโลกให้อยู่ในกลุ่มประเทศที่มีระดับรายได้ปานกลางค่อนข้างสูงเมื่อเดือนกรกฎาคม 2554 ที่ผ่านมา (จากเดิมอยู่ในกลุ่ม Lower-Middle Income) ซึ่งจะมีผลให้ไทยจะต้องกลับมาเสียภาษีในอัตราปกติ (Most-Favored Nation: MFN) ภายใต้ระบบ GSP ใหม่ ทั้งนี้ โดยปกติแล้วการเปลี่ยนแปลงหลักเกณฑ์จะมีระยะเวลาให้ปรับตัวประมาณ 1 ปี ซึ่งหมายความว่าการสูญเสียสิทธิ GSP จาก EU ของไทยอาจมีผลอย่างแท้จริงประมาณเดือนมกราคม 2558
อย่างไรก็ตาม ในช่วงระยะจากนี้ไปจนถึงปี 2558 สินค้าจำนวนหนึ่งอาจสูญเสียสิทธิ GSP ไปก่อน เนื่องจากอาจมีสัดส่วนการส่งออกภายใต้ GSP ของ EU เกินกว่าเกณฑ์ที่กำหนดตามเงื่อนไข Product Graduation โดยสินค้าที่มีโอกาสเข้าข่าย คาดว่าเป็นสินค้าบางรายการในกลุ่มอาหารแปรรูป ผลไม้ สิ่งทอและเครื่องนุ่งห่ม อุปกรณ์ไฟฟ้า ยานยนต์ และยางยานพาหนะ (Graduation Criteria ตามระบบ GSP ใหม่ กำหนดให้ประเทศที่มีสัดส่วนตลาดเกินกว่าร้อยละ17.5 ของมูลค่าการนำเข้ารวมของสินค้าหนึ่งภายใต้สิทธิ GSP จะถูกยกเลิกสิทธิ GSP ของสินค้านั้นๆ ยกเว้นสินค้าหมวดสิ่งทอและเครื่องนุ่งห่มกำหนดสัดส่วนตลาดอยู่ที่ร้อยละ14.5)
สำหรับสินค้าที่จะได้รับผลกระทบในกรณีที่ไทยต้องสูญเสียสิทธิ GSP ของ EU นั้น คาดว่าจะครอบคลุมรายการสินค้าประมาณร้อยละ 39 ของสินค้าที่ไทยส่งออกไปยัง EU ทั้งหมด หากพิจารณาจากข้อมูลในปี 2554 ซึ่งไทยส่งออกสินค้าไปยัง EU รวมทั้งสิ้น 24,156.7 ล้านดอลลาร์ฯ ขณะที่มีการส่งออกภายใต้สิทธิพิเศษ GSP มูลค่า 9,321.26 ล้านดอลลาร์ฯ โดยภาพรวมแล้วการสูญเสียสิทธิ GSP จะมีผลให้สินค้าไทยที่ส่งออกไป EU โดยเฉลี่ยมีราคาสูงขึ้นประมาณร้อยละ 2
สินค้าที่ได้รับผลกระทบมาก เป็นสินค้าที่มีส่วนต่างระหว่างอัตราภาษีปกติกับอัตราภาษี GSP สูง เช่น สับปะรดกระป๋อง กุ้งสดแช่เย็นแช่แข็ง และกุ้งแปรรูป เป็นต้น (สัดส่วนประมาณร้อยละ 6 ของการส่งออกรวมไปยัง EU) ขณะที่ สินค้าที่ได้รับผลกระทบในระดับปานกลาง กล่าวคือ ราคาสินค้าตามอัตราภาษีใหม่จะสูงขึ้นประมาณร้อยละ 2-5 อาทิ ยานยนต์และชิ้นส่วน เครื่องใช้ไฟฟ้าภายในบ้านและอุปกรณ์ไฟฟ้าอื่นๆ สิ่งทอและเครื่องนุ่งห่ม รองเท้า ผลิตภัณฑ์ยาง ผลิตภัณฑ์หนัง เลนซ์ อาหารทะเลกระป๋องและแปรรูปที่ทำจากปลา เป็นต้น (สัดส่วนประมาณร้อยละ 56 ของการส่งออกรวมไปยัง EU)
ส่วนสินค้าที่คาดว่าจะไม่ได้รับผลกระทบ เนื่องจากอัตราภาษีเป็น 0% อยู่แล้ว หรืออัตราภาษีปกติ(MFN) และ GSP ไม่แตกต่างกันมากนัก เช่น คอมพิวเตอร์ อุปกรณ์และส่วนประกอบ แผงวงจรไฟฟ้า ยางพารา ไก่แปรรูป เฟอร์นิเจอร์ ขณะที่สินค้าอัญมณีและเครื่องประดับ ปัจจุบันไทยไม่ได้รับสิทธิ GSP อยู่แล้ว (สัดส่วนประมาณร้อยละ 38 ของการส่งออกรวมไปยัง EU)
ทั้งนี้ ต้องยอมรับว่าแม้ภายใต้ระบบ GSP ใหม่ สินค้าไทยส่วนใหญ่จะมีราคาในตลาด EU สูงขึ้นจากเดิมไม่เกินร้อยละ 5 อย่างไรก็ตาม สินค้าหลายรายการในจำนวนนั้นเป็นสินค้าที่ไทยประสบปัญหาการแข่งขันด้านราคาอยู่ก่อนแล้ว โดยเฉพาะกลุ่มสินค้าที่พึ่งพาแรงงานเข้มข้นในกระบวนการผลิต ท่ามกลางภาวะที่ค่าจ้างแรงงานของไทยปรับตัวสูงขึ้นอย่างก้าวกระโดดในปีนี้ และจะปรับขึ้นอีกในปี 2556 ขณะที่คู่แข่งของไทยส่วนใหญ่ยังคงได้รับสิทธิ GSP ในตลาด EU ดังนั้น ส่วนต่างราคากับประเทศคู่แข่งที่จะยิ่งกว้างขึ้นนี้จึงมีนัยไม่น้อยต่อความสามารถในการแข่งขันของสินค้าหลายประเภท
แนวทางในการรักษาความสามารถในการแข่งขันด้านราคา ในส่วนของภาครัฐ อาจต้องสานต่อการเจรจากรอบความตกลงการค้าเสรีไทย-สหภาพยุโรป (Thailand-EU Free Trade Agreement: FTA) ซึ่งหากไทยและ EU สามารถลงนามข้อตกลงการค้าเสรีกันได้ก่อนที่ระบบ GSP ใหม่จะมีผลอย่างเป็นทางการ ก็จะช่วยให้ธุรกิจไทยได้รับสิทธิพิเศษทางภาษีศุลกากรภายใต้ FTA
อย่างไรก็ตาม กว่าที่หลักเกณฑ์ใหม่ของ EU จะมีผลบังคับใช้จริง คาดว่าจะเป็นช่วงปี 2557-2558 ซึ่งผู้ประกอบการไทยยังมีเวลาสำหรับปรับตัวอีกระยะหนึ่ง ดังนั้น ประเด็นเรื่อง GSP ของ EU จึงน่าจะเป็นผลกระทบในระยะปานกลาง แต่สำหรับในช่วงเวลาเฉพาะหน้านี้ ปัจจัยที่กำลังส่งผลกระทบต่อผู้ประกอบการส่งออกไทยไปยัง EU น่าจะให้น้ำหนักไปที่ปัญหาวิกฤตหนี้สาธารณะในยูโรโซนและความเคลื่อนไหวของประเทศคู่แข่งมากกว่า โดยต้นทุนแรงงานของไทยอยู่ในระดับสูงกว่าคู่แข่งหลายประเทศในภูมิภาค ซึ่งปัญหาดังกล่าวได้กดดันให้การส่งออกของไทยไปยัง EU หดตัวลงร้อยละ 11.4 ในช่วง 5 เดือนแรกของปี 2555 และศูนย์วิจัยกสิกรไทย คาดว่าการส่งออกไปยัง EU ทั้งปี 2555 อาจจะหดตัวประมาณร้อยละ 5