สาระสำคัญของกฎหมายทั้ง 2 ฉบับคือการบังคับให้ผู้นำเข้าสินค้าเกษตรเพื่อการจำหน่ายต่อ มีหน้าที่ต้องขอใบอนุญาตนำเข้าจากภาครัฐก่อน แต่อย่างไรก็ตามขั้นตอนการออกใบอนุญาตนำเข้าก็ยังไม่มีแนวปฏิบัติที่ชัดเจน ก่อให้เกิดความกังวลใจ ทั้งจากสหภาพยุโรป สหรัฐอเมริกา และญี่ปุ่น
สำหรับสินค้าเกษตรของไทยที่เข้าข่ายได้รับผลกระทบที่สำคัญคือทุเรียนและลำไยซึ่งเป็นผลไม้ที่นิยมมากในตลาดอินโดนีเซีย ทั้งที่อินโดนีเซียต้องการออกมาตรการทางการค้ามาสกัดการนำเข้าสินค้าเกษตรจากจีน จากข้อมูลของ World Economic Forum (WEF) ในปี 2012 WEF ได้จัดอันดับปัญหาสำคัญของอินโดนีเซียที่เป็นอุปสรรคต่อการนำเข้าสินค้าจากต่างประเทศและพบว่าปัญหาที่สำคัญที่สุดคือเรื่อง Tariffs and Non-Tariff Barriers รองลงมาคือปัญหาการทุจริตของเจ้าหน้าที่พรมแดน นอกจากนี้ยังมีปัญหาเรื่องขั้นตอนเอกสารที่ยุ่งยากซับซ้อน และการขนส่งที่ล่าช้าในประเทศ แสดงให้เห็นปัญหาดังกล่าวของอินโดนีเซียเป็นที่รับรู้ในวงกว้างแล้ว
อธิบดีกรมการค้าต่างประเทศ กล่าวว่า ตั้งแต่เดือน ม.ค.-ก.ย.55 ประเทศไทยส่งออกสินค้าผลไม้สด แช่เย็น ไปยังอินโดนีเซียมูลค่า 92.14 ล้านเหรียญสหรัฐฯ ขยายตัวมากถึงร้อยละ 17.78 และในระยะ 3 ปีที่ผ่านมา(52-54) ไทยส่งออกผลไม้สด แช่แข็งเฉลี่ยปีละ 64.41 ล้านเหรียญสหรัฐฯ ถือว่าอินโดนีเซียเป็นตลาดส่งออกผลไม้สด และผลไม้แช่แข็งที่สำคัญอันดับ 3 ของไทย รองจากจีนและฮ่องกง
สำหรับแนวทางการแก้ไขปัญหาดังกล่าวนี้ กระทรวงพาณิชย์โดยกรมเจรจาการค้าระหว่างประเทศได้เชิญส่วนราชการและภาคเอกชนที่เกี่ยวข้องเพื่อหารือปัญหาที่เกิดจากมาตรการดังกล่าวของอินโดนีเซียและแนวทางการแก้ไขปัญหาแล้วเมื่อเดือน ก.ค.55 และในเร็ว ๆ นี้กรมการค้าต่างประเทศมีแผนจัดคณะเดินทางไปหารือกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องของอินโดนีเซียเพื่อเจรจาแก้ไขอุปสรรคดังกล่าว