ศูนย์ฯดังกล่าว ทำหน้าที่ติดตามและรวบรวมข้อมูลความก้าวหน้า ปัญหาอุปสรรค ข้อเสนอแนะในการดำเนินงาน รวมถึงข้อร้องเรียนต่างๆ ที่เกี่ยวข้องกับการดำเนินโครงการรับจำนำสินค้าเกษตรในส่วนที่กระทรวงเกษตรฯรับผิดชอบ ตลอดจนประสานงานกับคณะทำงานเฉพาะกิจติดตามและแก้ไขปัญหาการรับจำนำสินค้าเกษตรตามนโยบายรัฐบาล และหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งในส่วนกลางและส่วนภูมิภาค เพื่อให้การดำเนินงานโครงการ รับจำนำฯ เป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพต่อกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ ซึ่งหากมีกรณีเร่งด่วนหรือเรื่องที่ต้องเร่งแก้ไขปัญหา ศูนย์ฯจะประมวลผล วิเคราะห์และรายงานข้อคิดเห็นและข้อเสนอแนะต่อปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์เพื่อรับทราบโดยเร็ว เพื่อให้การแก้ไขปัญหาเป็นไปด้วยความคล่องตัวและรวดเร็วยิ่งขึ้น
นอกจากนี้ ยังมีคณะทำงานเฉพาะกิจติดตามและแก้ไขปัญหาการรับจำนำสินค้าเกษตรตามนโยบายรัฐบาลนั้น รวม 9 คณะ เพื่อทำหน้าที่ติดตามข้อมูล สถานการณ์และปัญหาการดำเนินงานโครงการรับจำนำสินค้าเกษตรฯในส่วนที่เกี่ยวข้องกับกระทรวงเกษตรฯ นอกจากนี้ยังเป็นผู้ประสานงานกับหน่วยงานที่เกี่ยวข้องทั้งในส่วนกลางและส่วนภูมิภาค เพื่อร่วมกันแก้ไขปัญหาที่เกิดขึ้นในจังหวัดที่คณะทำงานรับผิดชอบ โดยคณะทำงานทั้ง 9 คณะนี้ จะทำหน้าที่ติดตาม แก้ไขปัญหาและรายงานผลการติดตาม ตรวจสอบและการแก้ไขปัญหาในพื้นที่อย่างต่อเนื่อง โดยคณะทำงานประกอบไปด้วยผู้บริหารกระทรวงระดับผู้อำนวยการ เป็นประธาน เกษตรและสหกรณ์จังหวัดที่รับผิดชอบในพื้นที่และเจ้าหน้าที่จากหน่วยงานที่เกี่ยวข้องร่วม เป็นคณะทำงาน
"ศูนย์ปฏิบัติการฯและคณะทำงาน 9 คณะนี้ จะช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและศักยภาพในการแก้ไขปัญหาให้กับผู้ปฎิบัติงานในระดับพื้นที่ไม่ว่าจะเป็นในเรื่องของการขึ้นทะเบียนเกษตรกร การประชาคม ออกใบรับรองและเปิดจุดรับจำนำในบางส่วนขององค์การตลาดเพื่อเกษตรกร (อ.ต.ก.) ซึ่งจะมีการทำงานกันอย่างใกล้ชิดกับเจ้าหน้าที่ผู้ปฏิบัติงานในระดับพื้นที่ อีกทั้งการเน้นลงพื้นที่เพื่อติดตามและรับฟังปัญหาอุปสรรคต่างๆ ของเจ้าหน้าที่ผู้ปฏิบัติงานและเกษตรกร เพื่อนำข้อค้นพบและปัญหาเหล่านั้นนำมาสู่การแก้ไขปัญหาที่ตรงจุด มากขึ้น" นายอนันต์ กล่าว