ในการสัมมนาครั้งนี้จะเป็นครั้งสุดท้ายที่จะหารือถือแนวทางที่ดีที่สุด ให้ได้ข้อสรุปที่เข้าใจตรงกันระหว่างร.ฟ.ท. รัฐบาล และ สหภาพฯ เพื่อเสนอให้กระทรวงการคลังและกระทรวงคมนาคม เนื่องจากภาระในการดูแลมีความแตกต่างกัน ซึ่งจะมีการไปปรึกษาหารือกันและดำเนินการตามแผนต่อไป ซึ่งจะสอดรับกับการเสนอร่าง พ.ร.บ.การลงทุนโครงสร้างพื้นฐาน 2 ล้านล้านบาท ที่จะแบ่งเป็นการลงทุนระบบรถไฟ 1.5 ล้านล้านบาท และถ้าหากได้รับการอนุมัติจากสภาให้ลงทุนได้ หลายฝ่ายจะได้มั่นใจว่าโครง สร้างที่ถูกปรับใหม่พร้อมที่จะรองรับ
อย่างไรก็ตาม นายกิตติรัตน์ ระบุว่า ยังเป็นกังวลเกี่ยวกับการขาดทุนของการรถไฟฯ ฉะนั้นมองว่าปัญหาที่มีอยู่เดิมควรแยกหนี้ออกไปและจัดให้มีการบริหารจัดการใหม่ที่ไม่เอาภาระเก่ามาเป็นเรื่องกังวลใจให้กับการบริหารงานใหม่
ด้านนายชัชชาติ สิทธิพันธุ์ รมว.คมนาคม กล่าวถึง การแก้ปัญหาการขาดทุนของการรถไฟฯ ว่า ต้องมีการบริหารจัดการทรัพย์สินที่มีประสิทธิภาพกว่านี้ ซึ่งที่ผ่านมาการที่การรถไฟฯ ขาดทุนมาตลอดนั้นมาจากภาระหนี้เก่าและดอกเบี้ย โดยเมื่อปี 2555 การรถไฟฯ มีรายได้ 1 หมื่นล้านบาท แต่ขาดทุนกว่า 4 หมื่นล้านบาท และเมื่อแยกพิจารณาจะพบว่ามาจากดอกเบี้ยเงินกู้ถึง 22% ของผลขาดทุน และค่าใช้จ่ายประจำอื่นๆ
รมว.กระทรวงคมนาคม กล่าวว่า ขณะนี้จำเป็นต้องเดินหน้าปรับโครงสร้างองค์กรของการรถไฟฯ เพื่อรองรับการขยายตัวของอุตสาหกรรมในอนาคต และปรับปรุงระบบ กฏระเบียบขององค์กรให้สอดรับกับการปรับโครงสร้าง ซึ่งได้สั่งการให้ผู้ว่าการรถไฟฯ เข้าไปดูแลในเรื่องนี้แล้ว
ทั้งนี้ กระทรวงคมนาคมได้ให้ทาง ADB และมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ทำการศึกษาในการปรับโครงสร้างของการรถไฟ ซึ่งทางมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์เสนอให้การรถไฟทำการแบ่งแยกหนี้ให้ชัดเจน ส่วน ADB เสนอให้การบริหารจัดการในรูปแบบของบริษัทแยกออกมา หรือให้อยู่ในความดูแลของกระทรวงการคลัง กับกระทรวงคมนาคม ซึ่งความเห็นที่ไม่ตรงกันดังกล่าวจะต้องได้รับการพิจารณาเพื่อหาข้อสรุปต่อไป